比起先前追討文化總會，民進黨政府以「不容公產變私產」為名，要求制訂《財團法人法》，嚴管包括蔣經國基金會在內的政府捐助財團法人，難度更高。不僅因為這基金會是以「蔣經國」為名，也在於該基金會成立二十多年來在補助漢學研究上已頗有成績。不過，政府當初對蔣經國基金會的高額補助是事實，在政府權益與基金會運作之間，現在必須有更衡平的思考。

蔣經國基金會成立於1989年，也就是蔣經國過世後一年，以推廣獎勵國際漢學研究為主要目的，成立之初，由教育部出資3億元作為成立基金，占原始基金100％，向法院登記設立，登記書上記載募資目標為20億元。教育部即承諾捐助15億元，後來三年內完成，總捐助金額為14.2億元。

根據《今週刊》去年的調查，爾後蔣經國基金會不斷接受民間捐助，也將歷年結餘的錢轉入基金。在2015年登錄於台北地方法院的資料顯示，蔣經國基金會財產總額為36.2億元。因此蔣經國基金會逕行認定，教育部累積捐助也僅占目前財產總額的39％（36.2億占14.2億元），不屬《預算法》規定「政府捐助基金累計超過50％的財團法人（即公設財團法人）」。得以避開《預算法》中，政府捐助比率超過50％者，必須將年度預算書送立法院審議的規定，亦無須遵循須有半數官派董事的規範。

不過這個說法過不了監察院這一關。在監察院於2009年通過監委趙榮耀與葛永光所提糾正案裡，抨擊行政院長期漠視政府捐助基金所延伸出的問題，點名蔣經國基金會，「創立時政府捐助100％」、「以盈餘轉基金辦理財產總額變更登記」，造成政府累計捐助基金比率降為低於50％。立法院預算中心亦質疑蔣經國基金會等單位規避監督，將官股基金會變成民間基金會。

問題關鍵在於，為何不是以原始基金，或甚至以法院登記募款金額來認定官股比例，而是歷經二十多年發展之後，允許基金會以盈餘撥入母基金合計，逐一稀釋官股直到脫離政府控制？即使是《公司法》，若要增資都必須問原始股東是否放棄認股，這些原本公設的財團法人為何可以逕行認定政府出資比例？於今，在蔣經國基金會的21席董事裡，政府僅餘一席董事，無論就原始出資比例或歷年捐助比例，都不合常理。

另個問題在於該基金會人事封閉，董監事雖然定期改選，但幾乎全由現任董監事指定，領導階層長年不變，現任執行長朱雲漢亦已經任滿15年以上，就算不討論蔣經國基金會的研究宗旨，不把獎助漢學與台灣研究對立起來，為何只有這同一批人可以研究漢學、獎助漢學？合理的監督機制何在？

2009年，朱雲漢接受媒體專訪時提到蔣經國基金會未來的挑戰，他說，最大的挑戰來自於政治壓力，因為基金會原始創立基金來自教育部，撥款占了近60％，因此不少政治人物還是會要求政策配合，或搪塞人事。過了八年後再看這段談話，所謂的「政治干預」顯然已不再困擾蔣經國基金會；但令人不解的還是在於，為何一個基金會接受政府的大筆捐助卻可以「獨立運作」之名迴避任何監督？如果今天民進黨政府想要成立一個「獨立運作」的「台灣研究」基金會，國會能允許援例辦理嗎？

討論民進黨政府與蔣經國基金會的關係，很難不陷入無止盡的統獨辯論；但漢學研究也好，台灣研究也罷，其實都不是問題的關鍵，而是作為一個政府大筆出資的基金會，政府在其中應該有什麼樣的權力與義務？國會又應該扮演什麼樣的監督角色？對教育部出資的蔣經國基金會是如此，對經濟部出錢的中技社亦如是，未來對接收自日產，如今卻幾乎淪為私人所有的糖協、郵協、電協，也該有同樣的態度。

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