《上報》報導，台北市政府市場處20日以「議員索資卻遲交」為由，開罰北農115萬元，並要求在7天內繳清；不過，北農認為北市府開罰於法無據，並不打算繳納罰款，若市府堅持開罰，後續將對北市府提起行政訴訟，雙方對簿公堂；對此，台北市長柯文哲26日上午被問到此事時，先嘆了一聲氣後表示，他的態度就是專業經理人把事情做好，「有時候台灣的社會、議會、媒體本來就⋯⋯你喜歡也好，不喜歡也好，你還是要應付嘛！」

柯文哲今上午參加2018邁向循環城市∞首都願景國際論壇，會後接受媒體聯訪，媒體詢問日前市場處向北農開罰一事，柯認為，專業經理人除了要把事情做好外，不管喜歡與否，還是要應付，不過北農對於罰款一事似乎堅持不付錢，並打算提行政訴訟，對此，柯文哲語氣更硬了，他反問，「北農的批發市場是台北是政府，停車場是台北市政府的，整棟建築物是台北市政府，我把你房子收回來你要去哪裡經營？這實在是⋯⋯啊算了。」

另外，針對北市府有意購買農委會擁有的北農股權，有媒體報導，農委會副主委陳吉仲昨回應，北市府是否要思考將北農股份賣給農委會？陳吉仲還說，如此一來可以創造農委會、北市府以及北農三贏的局面，喊話北市府不如將股權賣給農委會。

但柯文哲對此似乎更不以為意，他說，批發市場才要花145億改建，還有環南市場55億，「我現在算一算批發市場改建都要花200億以上」、「欸，錢都花我的，我批發市場改好全部改建完，然後給你經營，哪有這麼好的事，不然你來出錢好了！」看來對於農委會想創造三贏的提議，一點都不考慮。