2006年7月，民進黨全代會通過時任立委王幸男所提「解散派系」提案，從此禁止再以派系名義設辦公室、招募會員或對外募款；黨、公職人員被要求全退出派系。如今，英、蘇、游系三大勢力進駐國會周邊設智庫、辦公室，黨內有立委憂心派系再起破壞團結；但也有參與智庫人士把矛頭對向新潮流系直言，「就是因為泛新系獨大，才讓其他派系不得不結盟求生存！」

這名參與智庫運作的人士說，真正的「派系」須有紀律、約束力，但這些智庫，充其量只能算是「政治結盟」，屬於議題性的合作，智庫對立委等成員根本沒有約束力；反觀新系人馬從助理歷練、地方選舉到中央部會人事，背後都有派系強力主導的色彩。

「在中央部會、國會到縣市首長，都是泛新系獨大的現況下，黨內『非新系』礙於政治實力無法對抗，加上選舉考量，當然必須尋求合作。」他說。

有資深立委也說，現在黨內只有新系與非新系的差別，非新系之間的合縱連橫多半是看議題，並非看派系；而在「新、蘇、連（綠色友誼連線）」長期合作下，英派、游系，乃至於部分謝系人士因此也必須採取「策略性」結盟，保住自己的政治實力。

不過，一名未參與黨內派系運作的民進黨區域立委認為，這些智庫雖然不像派系解散前「廝殺得那麼嚴重」，但以去年9月的黨團幹部為例，「為了選舉各派系動得太明顯」，甚至「出動派系的大人們介入」；接下來又是縣市長及地方選舉，他憂心派系對立會不利國會運作。

面對黨內派系「智庫化」，身兼黨主席的蔡英文如何鞏固黨內團結面臨挑戰。(攝影：葉信菉)

他並說，立法院應回歸以「委員會」為中心的運作模式，而非派系主導；由各委員會的「政策小組」為核心決定法案方向，其次由「行政立法協調會報」討論，再來才上報自總統召集的九人小組，政策由下而上，才能有助於施政。

一名英派人士則正面看待派系智庫的角色。他表示，有別於在野時，民進黨的一致目標就是「反國民黨」，如今重返執政，面對法案、政策，黨內一定有歧異性，各派系成立智庫至少可以用團隊作戰的方式，協助立委快速熟悉議事、提升問政能力，也能提出不同的政策制定方案、選項，供執政部門折衷或參考。

他說，政治就是利益分配，就政治現實而言，有派系反而好溝通，「只要搞定組織頭人，一切就好談許多。」

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也有民進黨本屆初任立委的人認為，採智庫或聯合辦公室的模式可以發揮「一加一大於二」的效應；他初任立委時的確對議事及政策沒那麼熟悉，但透過智庫運作，立委可以彼此密集討論，不論法案或質詢，都讓他更快進入狀況；甚至派系大老也會「面授機宜」，以前輩身分給予許多實質的問政建議。

至於是否造成派系對立？他認為，黨內立委雖來自不同系統，但對外目標都一致，實際上在立院的提案及修法討論也都無涉派系，「該相挺時都會挺！」
 

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