由於機組員防疫不斷出包，指揮中心針對航空機組員做檢疫加強版措施，一律需要居家檢議延長7天，甚至傳出檢疫期間要用自己休假，部分機師聞訊後，大嘆因而無法到醫院探望開刀的媽媽，大表不公平，為此，發言人莊人祥回應，一例一休部分會請勞動部協助處理，也會請民航局收集機組員目前碰到的問題再討論。

紐西蘭籍機師染疫趴趴走，造成我國本土零確診卻破功，中央流行疫情指揮中心日前宣布，自2021年元旦起，機組人員居家檢疫一律採7天集中檢疫，且第8天到14天為加強版的自主健康管理，過去要求不能到人多地方，現在連搭乘大眾運輸工具都禁止，消息一傳開後，引發許多機師抱怨，病將臉書大頭貼換成「坐牢照」，向政府表達抗議。

針對機組員抱怨連連檢疫加強版新措施，莊人祥記者會中指出，指揮中心規定7天，但公司用5天，一例一休的部分會請勞動部協助處理，而在機組員指控不公平一事，指揮中心仍舊希望平衡經濟跟所有防疫安全，因之前發生航空器感染導致本土病例，所以才會進一步加強檢疫。

莊人祥表示，先前就讓航空公司自行專案管理，分為貨機3天，客機5天檢疫，但後來不幸出現本土病例，才會針對檢疫再檢討，現在機組員進行7天檢疫和7天加強版自主管理，若能在外站落實管理，確實防疫，一個月後民航局會再做評估，有可能會鬆綁成低風險管理，這都需要大家一致努力。

至於，針對機組員自主健康管理期間的探病問題，莊人祥說，會請民航局收集目前機組員遇到的問題，指揮中心也會就問題做討論，看如何做更好的規劃處理。（【新冠肺炎】境外移入+4）