指揮中心6日證實染疫的浙江台商與同一旅館的另名德國籍確診者感染同一病毒株，引發外界猜想是否為交叉感染，甚至有醫師提出空調感染說。對此，指揮中心7日重申，旅館的防疫措施嚴密，這兩人在隔離期間也完全沒有接觸，因此「不大可能會交叉感染」。

中央流行疫情指揮中心去年12月8日宣布一名到中國浙江經商，且從上海浦東機場搭機返台的台商診新冠肺炎，為案719。個案入境時無症狀，在防疫旅館檢疫到第12天才出現症狀，2度採檢都是陽性且病毒量高，研判才剛發病。

指揮中心12月10日時公布染疫台商曾與另一名確診者，案693同住一個防疫旅館，兩人雖不住同一樓層，但當時便引發外界猜想是否為間接感染。1月6日，指揮中心又公布台商與案693的病毒基因定序幾乎一樣，引發外界譁然。

指揮官陳時中表示，由於經過擴大採檢14名工作人員與17名旅客後，各類檢驗結果均為陰性，認為病毒沒有擴散疑慮，宣布就此結案。

針對此事件，台大主治醫師黃立民7日表示，浙江台商是居檢第12天確診，過去97.5％的個案都是感染11天內會發病，加上該台商體內病毒量高，顯示是剛染疫；因此推測有97.5％的機率是本土感染，且是在防疫旅館染疫，不排除是經由空調感染。

針對外界質疑，指揮中心7日舉出例證，證明台商不會是在旅館染疫，而是在機場被感染。疾管署防疫醫師陳婉青說明，案693與台商不認識，兩人住不同的樓層且日期又錯開，指揮中心也有調閱監視器監看兩人的動線，發現他們並沒有出房門也未與任何人接觸。

陳婉青指出，在環境方面，他們有採檢手會接觸的物體，像是門把、遙控器或廁所衛浴等等，經過PCR的檢驗，也全部都是陰性。此外，在空調的部分，他們也請專家作通風管路的評估，確認不會有交叉氣流的影響，綜合這些證據，指揮中心認為這兩案並沒有任何直接、間接或透過通風氣流等感染的因素。（英國變種病毒確診再添1例）