衛福部桃園醫院群聚感染事件尚未平息，卻意外引起2003年SARS風暴和平醫院封院的爭議再度掀起，當時任台北市長的前總統馬英九指出當年封院全為「中央下令，地方執行」，然而時任行政院長的立法院長游錫堃卻表示，當年和平醫院要封院之前，馬英九並沒有跟他報告，他完全不知道，更怒批：「馬英九先生講話要憑良心。」

對於馬英九稱SARS期間和平醫院封院事件是「中央下令，地方執行」，游錫堃26日上午回應到，現在大家好像在討論2003年SARS的經驗，馬英九講話要憑良心，並表示，關於當年台北市和平醫院要封院之前，「馬英九事前根本沒有跟我報告，我根本不知道，等到他封院以後，我要做危機處理。」

游錫堃指出，當時為了保護馬英九，雙方約到官邸秘密談話，他還跟馬英九說，若有事情要中央支援，中央會全部答應，但「我要求的他都沒做到。」

游錫堃表示，當時要求馬英九一定要想辦法，將在和平醫院看過病的人，全部都應該要整理出來，讓中央來追蹤，結果馬完全沒有做到。

游錫堃也說，當年4月25日當天他與馬英九見面後，中央全力支援馬英九，包括要求國防部把松山醫院提供出來做為SARS專屬醫院，將和平醫院很多病患想辦法送到松山，幫馬英九解決問題；27日中央緊急應變中心也馬上成立。

游錫堃強調，當時是這樣處理的，並說到「我在這邊要請馬英九講話要憑良心，不要動不動現在就批評別人，把責任都推給中央。」

針對游錫堃的良心說，馬英九辦公室26日再度發出聲明回應，和平封院是「中央決議下令，地方政府執行」，當時公文俱在，游院長怎好意思甩鍋？

馬英九基金會執行長蕭旭岑也透過聲明反問「游院長沒有看到4月24日的會議記錄嗎？應該向游院長報告的不是當天出席會議的副院長林信義嗎？在《回首SARS》書中表示不後悔做封院決策的時任署長涂醒哲，做決定之前難道也跳過游院長？游錫堃院長是當假的嗎？18年後還說不知道，是承認自己在狀況外嗎？」

蕭旭岑也強調，防疫當頭，最不需要的就是政治鬥爭，應該要齊心抗疫，立法院長更應以身作則；馬辦已經還原當年封院事實，呼籲游錫堃少噴政治口水，講話真正要憑良心，不要搞不清楚狀況亂講，貽笑大方。（台積電加強防疫措施）