中央流行疫情指揮中心去年宣布，自今年元旦起外籍人士暫緩入境，後來教育部宣布境外生將以專案方式入境，不過有大專院校指出，至今仍未收到教育部的專案入境公文，相關作業卡在指揮中心，擔心下學期4000多位境外生恐無法入境。對此，指揮官陳時中27日表示，決策並非卡在指揮中心，但最近疫情比較緊張，因此2月決策都要最近觀察清楚，才會定案。

教育部統計，109學年度第2學期，預計入境的新生人數約為4489人，其中一般大學76校、2404人，技專院校41校、2085人。教育部長潘文忠13日曾表示，教育部日前召開跨部會議，決議境外生要提出核酸檢驗陰性報告，研擬相關淺意強化流程，正要呈報指揮中心，讓境外生與學校可依規定申請。

不過近日有些學校反應，至今都未收到教育部專案入境公文，擔心下學期要入境的境外生恐來不了，有人質疑相關決策在指揮中心「卡關」。陳時中對此表示，決策不會卡在指揮中心，會根據外在條件以及疫情變化，因此無法過早下決策，加上最近疫情比較緊張，因此2月的決策都要近期觀察，才能定案。

指揮中心副指揮官陳宗彥也強調，相關決策並未卡在指揮中心，14日教育部有呈報進來，並指出大家都關心4000多名境外生的檢疫場所等問題，現在相關事項正在跑行政流程，要檢視檢疫量是否能應付。（國產疫苗進入第二期臨床試驗）