負責國軍「新三彈」研發生產，以及潛艦國造、國機國造研發重鎮的國家中山科學研究院，因法人化後門禁警衛與院區內安全巡邏等工作完全委外由保全公司負責，但國防部針對中科院安全警衛進行兵棋推演發現，現有保全公司警衛人力根本無法因應任何突發狀況，因此決將具有司法警察身分的憲兵進駐，3月中旬先由桃園憲兵隊進駐中科院後，再依實際需求是否增加憲兵兵力。

初步選定3處，分別作為辦公、住宿以及槍械武器保管處。

據指出，在國防部政策指示下，憲兵指揮官許昌月前已率領各幕僚主管，前往中科院進行現地勘察，憲兵規畫能進駐原來憲兵部隊駐守的獨立營舍，方便人員生活與管理，但該獨立營舍已成為中科院電子所的所本部，中科院表達無法挪出後；經現地勘查看後，初步選定中科院大門附近的招標中心、汽車維護大隊以及龍門餐廳上方二樓等3處，分別作為桃園憲兵隊的辦公、住宿以及槍械武器保管處。

遽透露，中科院法人化後，憲兵部隊再次進駐中科院院區內，已經引起院內議論紛紛，雖然門禁警衛與一般的安全維護還是由保全公司負責，憲兵只負責特別的陳抗事件以及中科院研發武器裝備運送，但為了避免中科院內部人員情緒反彈，中科院對內統一說法是「因為桃園市政府徵收位於桃園八德的憲兵隊土地，所以憲兵隊要進駐中科院」。

位於桃園市龍潭區中正與文化路區域的中科院，過去的門禁警衛是由憲兵負責，自國軍實施精實案後，考量中科院屬於研究機構，附近又有陸軍司令部與陸軍航空第601旅部隊兵力的照應，加上中科院只有面對文化路，另一側是石門大圳的隔離，原駐守在中科院的憲兵部隊就陸續撤出，門禁警衛與院區內安全巡邏等工作完全委外由保全公司負責，尤其2014年4月16日法人化後，軍職人員更是遇缺不補，成為真正的研究機構。

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知情人士指出，但是從太陽花學運之後，許多社會運動的陳情抗議活動，經常是突發性的聚集，甚至翻牆入內達到其述求的目標，因此國防部針對中科院若發生類似狀況如何因應，進行安全兵棋推演後發現，民眾只要在中科院沿文化路幾個入口聚集，無預警突然間衝入中科院區內進行述求抗議時，距離最近的派出所是大溪分局的三元派出所，趕過來處理民眾也要10分鐘以上，已是緩不濟急。

當時中科院在國防部的建議下，與負責門禁警衛的保全公司協商，除了增購鎮暴槍、電擊棒（槍）非致命裝備；另外，增加一個緊急待命班的警衛人力，隨時因應民眾陳抗的突發狀況。

中科院保全無法處理抗陳事件，附近的陸軍部隊因身分敏感，也不適宜出面。

據指出，近來無論是一例一休、婚姻平權法以及年金改革等議題，支持與反對的民眾走上街頭陳情抗議的手段愈來愈激烈，考量中科院除了研發「新三彈」以及潛艦國造、國機國造的機敏性，如果有心人士趁陳抗事件有意滋事，目前中科院保全公司的成立的緊急待命班也無法處理，加上陸軍附近的部隊也不適宜去處理民眾的陳抗事件，因此國防部討論後認為，由具有司法警察身分的桃園憲兵隊進駐最適當；在中科院院區內除辦公到值班人員著軍裝外，其他人員均可著便服，也比較不會引起注意。

知情人士指出，若憲兵隊重返進駐中科院後，對於突發的陳抗與其他事件，憲兵隊依程序向桃園地檢署檢察官報告請示後，就可以處理並請求警方支援，方能有效迅速並遏止事態擴大，經國防部長馮世寬批定，因國防部長也是中科院的董事長，因此全案經憲兵指揮部會同中科院辦理後，憲兵將於3月中旬重返中科院擔任維安工作。

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