因安全考量，國防部決定3月中旬將派憲兵進駐中科院，由於正值中科院法人化3周年前夕的敏感時刻，中科院內部議論紛紛，擔憂是否因中科院承攬潛艦國造等高機密性的研發任務，不宜用國家法人方式運作，當年制定法人設置條例時，有規定在2017年滿3年要進行檢討，因此憲兵重返進駐中科院，是否代表將恢復過去直屬國防部管轄。

中科院在2014年4月16日，前總統馬英九主持下，才改制為行政法人機構，並更名為「國家中山科學研究院」。

中科院法人化是在2008年馬英九就任總統後，首次視察中科院經內部建議後，為讓中科院在人事、組織、預算等營運作業上，能發揮更大的組織效能，開始進行轉型為國家法人化，經過多次討論，最終以民進黨提出國防部長兼任中科院董事長的版本定案，在2014年1月29日，制定公布《國家中山科學研究院設置條例》；4月16日，中科院改制為行政法人機構並更名為「國家中山科學研究院」，5月14日由時任總統的馬英九舉行了「國家中山科學研究院」成立典禮。

因應中科院法人化，原中科院副院長及各所所長的少將、上校等各軍職編制，分別移編回國防部軍備局等軍備生產單位，其職務以文官聘用，因此目前中科院副院長都是軍職退伍後聘用或是文職人員；而負責內部安全保防的人員，也多是從國防部保防單位退役的專業人員來擔任。

當年通過《國家中山科學研究院設置條例》時，為避免中科院忽視國防科技的研發以及法人化的績效，特別規定法人化3年後要進行檢討，也就是在2017年5月前進行檢討其績效再決定是否恢復過去直屬國防部的管理模式。

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由於國防部明確表達將推動成立類似美國DARPA（國防部先進研發計畫署）的高端科技研發單位，先在國防部資源司下設「國防科技處」試行，2018年提升位階成為直屬國防部的「國防科技發展室」，配合這個單位的成立，以及國防自主政策，各軍種建軍規畫的計畫處的部分工作，將由中科院來負責。

據指出，因潛艦國造的戰鬥系統是由中科院擔任主合約商，機密等級是被列為絕對機密，各軍種建軍規畫部分也交由中科院研究，因此憲兵重返進駐中科院，在時間上的巧合，已讓內部議論紛紛，是否代表重新恢復過去由國防部管轄的模式已進入時間倒數。

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