因國安特勤私菸案從退輔會主委接任國安局長的邱國正，在擔任國安局長1年7個月後，再次接任國防部長，此次的人事案也打破過去軍事與情報首長要分立分治，不能讓一人獨攬軍事與情報資源的慣例，因邱國正已熟識國安局情報作業與管道，未來國防部長又直接指揮軍情局，因此邱未來將是首位全面掌握國家情報資源的國防部長。

避免逾越總統職權　軍事、情報分治成慣例

據了解，在己故前總統李登輝任內，當時國安局長殷宗文執行「奉天專案」、「當陽專案」以及對美日外交的「明德專案」深獲李總統信任，1999年李總統進行國安人事異動前，殷宗文原先規劃出任國防部長，異動前殷宗文出國進行訪問時，此人事案生變，主因是國安局長若出任國防部長後，會是國防軍事與情報統合資源全由一人掌握，其掌握國防與國安資源將不會低於總統。

為避免軍事與情報資源集中於一人統管，因此過去軍事與情報首長要分立分治，就是讓兩者之間制衡與從不同專業立場來看國安問題，最後在此慣例下，殷宗文返國後的人事命令是出任國安會秘書長職務。

國安局長出任國防部長　邱國正成首例

據指出，2008年總統大選前，由時任陳水扁總統主持的軍事會議上，國安局長許惠祐與參謀總長霍守業對於當年解放軍地面部隊的調動就有不同解讀，當時許惠祐所獲得情資認為解放軍是異常的部隊調動，是針對台灣總統大選而來，建議國軍戰備狀況提升來因應；但霍守業則以部隊規模與掌握的情資，屬於地區性部隊移防訓練，並未足以對台有威脅，不建議提升戰備，最後陳水扁總統以國防部的建議為主，並未提升戰備

知情人士指出，就因為軍事與情報從不同角度與來源去分析解放軍的意圖，才能讓總統有更多的來源去作判斷，若軍事與情報資源可由一個人透過不同管道去掌握，就失去其多管道分析與分立分治的用義。

這次邱國正從國安局長出任國防部長，是首創軍事與情報首長由一人同時歷練，未來邱國正將是首位可以全面掌握國家情報訊息的首長，相對的新任的國安局長陳明通雖熟識大陸事務，但軍事領域還是有其專業性，可能還是要依賴國防部的專業分析，因此邱國正將會是最有國家情報實權的國防部長。