對於中國外交部長王毅在22日呼籲美國不要干涉中國內政並停止縱容台獨分裂勢力，邱太三在23日陸委會交接典禮後接受媒體提問時表示，兩岸交往發展數十年以來，對於某些名詞定義基本上是「雞同鴨講」，而對於某些媒體稱蔡英文指派邱太三擔任陸委會主席的用意乃向對岸釋出善意，邱太三回應指不知道該如何解讀媒體所謂的「善意」。

針對王毅對美國的喊話，邱太三受訪時表示，中國所謂的「台獨」概念在我國國內本來就眾說紛紜，我國堅持的底線一直是「國家主權與台灣民主」，故此他並不了解王毅對於台獨的概念和定義為何，並認為兩岸對於很多名詞的定義都是「雞同鴨講」，定義不一。

而針對有媒體稱蔡英文指派邱太三擔任新任陸委會主席的用意乃向對岸釋出善意，邱太三回應指陸委會或政府對中國從沒有抱持惡意，目前我國各項措施都是務實的而且可以增進兩岸正向交流，他期許在未來兩岸能務實面對並積極推動交流。

至於政治層次敏感，是因為雙方過去累積的互信不足，他希望未來能從非政治層面如經濟、社會和文化等面向推動交流，兩岸必須累積對彼此的互信才能克服政治層次上的敏感。他期望兩岸人民能發展出健康且有序的交流，使彼此情誼和對彼此的認識有所增進，而陸委會勢必會處理促進交流背後所產生的不良反應和效果。

針對邱太三上任後將推動修正《營業秘密法》等相關法案的媒體提問，邱太三指出台灣作為中國經濟發展過程中很重要的支柱與推手，台商在中國投入資金與技術，我國政府必須對核心關鍵科技有所保護，才能維護台灣整體的經濟競爭優勢。過去政府希望從《營業秘密法》處理，但因為所牽涉範圍較廣，加上部分業者對於處理方式的擔憂，政府尚在研擬當中，並將會徵詢各部會與民間企業意見。（基隆市2名警員私吞贓款）