藻礁公投推動聯盟28日表示，已同意與農委會舉辦溝通會議；農委會主委陳吉仲29日表示，不管公投是否通過，期待可以在環境永續找到雙贏方案，而不是用保護藻礁跟減煤燃氣的議題對撞。

藻礁公投推動聯盟28日發布新聞稿表示，經決策委員會全體決議，同意與陳吉仲共同舉辦溝通會議，預計於2周內派代表與陳吉仲見面會商，並盡速向大眾公開說明討論過程。

陳吉仲29日早上出席聯合抗旱會議後受訪表示，他期待本周就可以跟團體見面討論相關議題。陳吉仲指出，許多環團朋友、學術界還有關心台灣環境永續的人，針對藻礁公投非常關心，這個議題不管公投是否通過，期待可以在環境永續找到雙贏的方案，而不是用保護藻礁跟減煤燃氣的環境議題對撞。

陳吉仲表示，環團朋友希望可以跟政府一起找出大家接受的方案，政府希望透過對話，找出符合大家要非核、減煤、降空污及保護藻礁的方案。

陳吉仲提到，全國有各式各樣的環體，每個團體的目標都不一樣，政府期待所提出來的方案可以滿足大多數環團朋友們的期待，政府責無旁貸的；陳吉仲強調，政府會把所有現在面對的問題，以及希望可以保護藻礁的方式，全力跟環團朋友溝通。