藻礁公投引發社會關注，外界盼環保團體與政府展開對話。31日藻礁公投推動聯盟與農委會主委陳吉仲舉行2小時會談，會談重點包括非核、減煤、救藻礁、降空污、中油停工等；會後聯盟領銜人潘忠政接受媒體訪問，表示雙方會談「方向一樣但沒有共識」，但仍強調公投會如期舉行，一定不會被政府摸頭撤案。

潘忠政指出，31日正式展開溝通，他們首先希望政府依照公投內容將三接遷離現址，而陳吉仲也表示尊重。此外，由於最近空污議題延燒，潘忠政也盼可新增一個減空污的需求，並說明雖然目前政府、環團對整體方案尚無共識，但起碼大家方向相同。

潘忠政表示，除了和陳吉仲溝通外，也希望農委會幫忙傳遞幾件事給相關單位。他期待海保署能啟動自然地景審議、中油先停工表達善意，另外也要求經濟部、海保署開聽證會。更重要的是，希望能跟蔡總統見面，因為蔡總統是最有決定權的人，若可當面與總統表達訴求，藻礁公投就會有更大的談論空間。

潘忠政說，三接替代方案事關複雜的資料，但台電、經濟部2年都沒提供完整的資料，在未有科學數據的狀況下，兩方很難就事論事的溝通，因此也盼望相關政府單位提供資料，才可順利溝通。

在替代方案方面，潘忠政表示，目前傳出的替代方案有留在原址往外推等，但這些都與公投主文「遷離大潭藻礁」不符，此為與農委會對談無共識的部分，希望未來能多開公聽會把問題弄清楚。

農委會主委陳吉仲則指出，雙方會談氣氛相當和樂，對於非核、減煤、改善空污、救藻礁等都有同樣的看法，只是藻礁的替代方案還要再研議。他說對於前環保署長提到的浮動接收站等，環團所提的台北港、林口港等替代方案，都會審慎評估後再完整說明。

陳吉仲表示，會將環團的訴求轉給相關單位，也會把會談的內容報告給總統、行政院長，也會在合乎法規的規定下，協助環團達成訴求。