台鐵太魯閣408次出軌意外造成49死悲劇，花蓮地檢署16日下午宣布偵查終結，針對造成這件悲劇的主嫌、義祥工業社負責人李義祥依過失致死、過失毀損、肇事逃逸罪嫌起訴，並求處最高刑度5年；非法移工華文好（阿好）以及負責監造的聯合大地工程監造李進福、張齊富財3人依過失致死罪起訴。東新營造違反採購法部分，依違反政府採購法借牌、商業會計法等罪嫌起訴。

花蓮地檢署16日下午2點針對台鐵太魯閣408次列車出軌事件，宣布偵查終結。主任檢察官周芳怡表示，經過搜索23處、約談109人，將工地負責人李義祥以過失致死、過失毀損、肇事逃逸等罪起訴，求處最高刑度；越南非法移工華文好（阿好）依過失致死罪起訴，求處3年有期徒刑，2人目前均被羈押禁見。

周芳怡表示，李義祥在事發當天駕駛工程車，載著阿好在事工便道轉彎時，約在9點14分卡在樹叢熄火；9點23分，李義祥拿一條布帶，試圖拉住卡車車體，並示意阿好開怪手靠近，然後將吊帶綁在怪手的抓斗上，之後李義祥便上怪手操作；9點26分布帶因拉力不足產生裂縫，車頭向左移動，然後怪手的吊帶鬆脫，在9點27分畫面中止。

周芳怡說「卡住非第一次」，今年1月23日就有混凝土預拌車在同一個彎道卡住，台鐵花蓮工務處潘姓工程司當時便拍照記錄，並要求李進福、張齊富財注意，卻沒有任何改善；2人對現場施工進度也未確實記錄，實際工程進度落後也沒登載。因此花檢對張、李2人依照過失致死、偽造文書罪嫌起訴，並求處4年以上有期徒刑。

有關李義祥為何不構成殺人罪嫌，周芳怡補充說明，殺人罪嫌必須要有直接故意或間接故意兩種犯意；太魯閣出軌事發當下是因車輛熄火造成的突發狀況，李義祥不一定能預見，再來李義祥在車輛卡住之後，有作為想拉動車輛使其回正。「雖然這個做法很輕率，」但目前並無積極的證據顯示李義祥放任吊卡大貨車翻落邊坡，因此依過失致死起訴。而李義祥在車輛被卡住後，應通報未通報，也沒找人來協助脫困，導致吊卡大貨車翻落邊坡，也沒緊急通報，因此被認定肇事逃逸罪嫌。

至於東新營造違反採購法部分，則依違反政府採購法借牌、商業會計法等罪嫌起訴。

針對日前運安會痛批花檢「動作慢、早就串供好了」，周芳怡表示，儘管得知太魯閣號撞擊前，曾有1人出現在軌道旁，但畫面短暫且受到拍攝角度和畫質限制，無法立即查明身分。之後檢方勘驗發現現場車輛影像，鎖定一名外籍人士，並指揮花蓮縣警局進行拘提；但由於他是逃逸移工，案發後行蹤不明，7日警方拘提到案，訊後立刻向法院聲請羈押禁見獲准，絕沒有運安會和媒體指稱等事。

周芳怡也說，儘管在事發後立刻成立專案小組，並查扣相關證據，也取得民眾提供影像，指揮警方全力清查，但由於受限畫面畫質等相關因素，無法立刻確定當時在鐵軌旁者的身分，因此在取得運安會分析資料後，仍希望先行查證、確認身分以及和該名人士與案件的關係後，再來說明。