針對華航、諾富特群聚感染擴大一事，台北市長柯文哲先前認為疫苗接種順序有誤，他稱過去中央將醫護人員列為施打疫苗的第一順位，犯了戰術上的錯誤，應將被劃在防線外、比醫護更危險的機組人員列為優先。對此，指揮中心專家諮詢小組委員、台大兒童醫院感染科醫師李秉穎就直言，世界各國都是將醫護人員放在接種疫苗的第一順位，從來沒有聽過把航空機組員放首位，「這種講法真的會讓國際笑死！」李秉穎指出，全世界沒有任何國家，將航空機師、機組員疫苗接種順位排序比守住醫療量能的醫護還優先。

華航疫情爆發後，目前累計28人確診，引起外界批評疫情指揮中心，應將機組員定為首波接種，柯文哲先前更向指揮中心喊話，該把機組人員的疫苗施打順序提前；對此，李秉穎6日在廣播節目受訪時直言，這種說法完全就是「馬後炮」，目前全球各國都是醫護第一優先，若把機師列第一，會被國際笑死。

李秉穎指出，世界各國沒有人把機組員當第一序位施打，而是醫護人員排第一，會有這樣的說法是因為現在眼前有華航機師染疫的事情，但卻忽略年初也才剛爆發部桃群聚事件，並說到，所有確診者都必須送到醫院治療，仰賴第一線醫護人員，若醫護人員受感染，可能傳染很多人，病倒的話，醫療體系就會崩潰，所以如果不是醫護人員先接種，醫院崩潰就完蛋。

李秉穎提到，醫院收治的是確診病患，跟旅館或是航空機組員只是「有可能」接觸到患者的情況截然不同，尤其防疫旅館收受的是國外來的旅客，而非確診病人；並強調，針對疫情，政府要做的就是確保醫療量能，要確保醫療量能就是得要讓醫護人員接種疫苗擺首位。

此外，李秉穎也呼籲民眾施打疫苗來減少罹病、重症及死亡風險，形成社區群體免疫力，降低疫情傳播機會，並表示，必須要全世界都達到免疫力，病毒才有可能消失，但有很多國家都還沒有疫苗，病毒消失不知道要等到何時。

而針對國產疫苗的進度預計要7月底才有望施打，李秉穎說道「我們做的是蛋白疫苗，雖蛋白疫苗製作與研發時間較長，但蛋白疫苗是最有經驗，有效性與安全性是不用擔心的」。