為因應新冠肺炎疫情提升二級警戒，交通部也立即宣布，台鐵高鐵等交通運具，高鐵晚間表示，自5月15日起至6月8日實施全車對號座，暫停自由座（含站票）服務；並依交通部防疫應變小組會議決議，晚上8點起，高鐵車廂內禁止飲食，列車上同步暫停高鐵便當、飲料、食品以及各項推車商品販售服務；各車站消毒頻率由原先兩小時一次提升至每小時一次，各車次列車於抵達端點站進行折返清潔時，均特別以酒精進行全面消毒，敬請旅客安心搭乘。

高鐵稍早發布新聞稿表示，自5月15日起至6月8日疫情警戒提升至二級期間，都不會提供自由座服務。

高鐵強調，暫停自由座服務期間，定期票、回數票、悠遊卡/一卡通聯名卡亦將同步暫停使用，原先規劃之自由座需改採對號座相關措施，高鐵公司將盡速完成相關規劃後，12日對外公告，敬請使用上述票種且仍有搭車需求的旅客，留意相關訊息並提早訂位購票，以免影響既定行程。高鐵公司將密切觀察疫情變化，持續配合政府防疫措施機動調整營運服務，並即時對外公告。有關台灣高鐵各項最新防疫措施，請上台灣高鐵企業網站「嚴重特殊傳染性肺炎〈COVID-19〉防疫專區」查詢最新資訊。

高鐵指出，12日起，高鐵各車站大廳暫停辦理各項活動，列車上禁止飲食並全面暫停推車販售服務並撤除列車椅背網袋內之「TLife」車上雜誌，商務車廂亦暫停供應熱飲及書報雜誌服務，改為提供單獨包裝之甜鹹點心各1份及瓶裝水。敬請自備餐食或商務車廂的旅客，將餐點攜帶下車後再行食用。旅客若因生理需求（如喝水、服藥、哺乳）需飲食者，請遵守保持社交距離規範，並應於飲/食用完畢後，儘速佩戴口罩。

中央流行疫情指揮中心公布自即日起至6月8日提升警戒標準至「出現感染源不明之本土案例」，交通部提出六大防疫措施，如下：



一、是民眾於高鐵、台鐵（觀光列車除外）、公路客運、船舶（固定餐飲區域除外）、航空器（國際及兩岸航班除外）等運具內或郵局營業區域內禁止飲食，若因生理需求須喝水、服藥、哺乳，若因生理需求須喝水、服藥、哺乳，在與不特定對象保持社交距離或有適當阻隔設備的情形下，得於飲食期間暫時取下口罩，並於食用完畢後儘速佩戴口罩。

二、自5月15日起高鐵及台鐵城際列車取消站票。

三、台鐵、高鐵各車站大廳暫停或延期租借，並停止辦理各項活動，以避免群聚活動。

四、觀光遊樂景點及大型群聚活動，依循中央流行疫情指揮中心專業指引，進行總量管制（室外500人、室內100人以下），並擬定應變計畫。

五、要求航空站、台鐵、高鐵、客運、國道服務區、海運、觀光場域清潔消毒頻率全部加倍處理。

至於端午節高鐵是否會有自由座部分，交通部長王國材說，因應有些通勤定期票部分，因此還是會保留自由座，但不會有站票，也就是說自由座坐滿後，就不會讓乘客站在旁邊。