本土疫情連環爆，陳時中12日一口氣爆出內本土16例確診，1例調查中，當中，北市萬華區阿公店傳出新增2例確診。台北市長柯文哲稍早疫情記者會上宣布，台北市即刻啟動「準第三階段」防疫措施，北市府主辦活動全部取消。

衛生局也已整備醫療資源與預留床位、專責醫院進行分艙分流，防疫旅館也增加200床準備用於隔離處所使用。

柯文哲12日下午在防疫記者會表示，北市即日進入「準第三階段」，因為進入第三階段影響太大，所以逐步往上移。6月8日前台北市舉辦的活動全部取消，台北市政府大樓也會嚴格落實實名制，民眾要掃條碼或台北通、或有實名認證的卡片，將從13日起從北市府大樓開始，逐一推動到個區公所。

另外，醫療院所方面，柯文哲也提到，衛生局也要啟動醫院要分艙分流、預留床位，也將預留空床位，防疫旅館增加200床，作為隔離處所。

柯文哲說，這次有很多北部確診個案，許多香客有共餐同住，傳染風險高，所以呼籲現在宗教相關群聚應該要停辦，有參加過的覺得身體有異，要自主健康管理，疫情速度來得太快，北市府也會嚴厲提升大量快篩機制，讓醫院第一線快速判斷是否為新冠肺炎。

由於稍早新北市長侯友宜表示，新北市八大、娛樂場所與公有場館，暫停停業至6月8日，並說當社區感染爆發無法控制時，新北市該封城就會封城。

柯文哲則回應若是真的要封城，是要出動軍隊管制，應該是「該封城才封」才對，希望侯友宜不要在這個階段，製造市民恐慌。