近期有媒體報導漁電共生區域出現土地炒作，導致養殖戶租不到土地的情況。對此，能源局發佈新聞稿澄清，漁電共生是以「養殖為本，綠電加值」為原則創造雙贏，因此保障養殖戶權益為政策推動首要考量，光電業者申請設置時必須取得養殖戶與地主雙方同意，並簽署公版契約等多方保障養殖戶權益。

能源局也提到，漁電共生無論養殖戶、地主與光電業者都有同等權益參與整合開發，申請設置時則須檢附所有養殖戶與地主的同意書，以保障既有養殖戶權益。農委會為確保養殖戶的實際養殖行為，也明定漁電共生案場申請時須出具20年養殖經營計畫，未來將以此為依據進行查核。

為了進一步維護養殖戶權益，能源局公告的公版契約保障施工期間漁民的經濟來源、設置的系統類型得跟漁民充分溝通以避免影響養殖，以及因施工階段對漁民造成的損害賠償等內容。開始營運後，農委會規定須出具產銷履歷、購買魚苗及飼料單據、放養量申報與魚貨交易等文件，證明有養殖事實。

若光電業者未依經營計畫書辦理或未落實放養申報，將以所提經營養殖物種於漁業統計年報近3年產量平均值7成，作為養殖經營事實的判定。如有假養殖真種電情事，農委會將廢止其容許，能源局亦將廢止其電業執照並中止售電。

另外，為了避免土地炒作，經濟部、農委會與內政部正進行跨部會合作，將提前於8月完成非先行區4,080公頃的公告，同時盤點學校、公有房舍、綠能營區、農業和工業區屋頂，再加上民間其他屋頂共計4,665.7公頃提供施作。在地面型方面，也盤點已整治汙染土地、國有非公用土地、風雨球場、綠能營區、港口、停車場等，共計580.26公頃場域可供施作。