國內新冠肺炎疫情嚴峻，金門縣長楊鎮浯日前頒布金門縣「快篩令」遭中央撤銷，引發爭議；指揮中心25日晚間同意金門縣、澎湖縣、連江縣3離島進行自願性採檢服務。而澎湖縣、金門縣以及連江縣也將在26、27日展開自願性採檢服務，並在機場外設置快篩站。

金門縣長楊鎮浯23日宣布，所有抵達金門機場的民眾都要實施實聯制，而且要提供3日內PCR檢驗陰性報告，若無法提供就需要在金門機場接受快篩，但衛福部24日依照《傳染病防治法》規定撤銷楊鎮浯的「快篩令」。

不過25日新冠肺炎本土病例，就連台灣本島唯一淨土台東縣也新增2例，當晚指揮中心宣布，同意金門縣、澎湖縣、連江縣等3離島在符合篩檢流程條件及後送配套流程下，提供自願性採檢服務；不過指揮中心表示，同意範圍僅限自願性採檢，地方政府仍不能要求普篩。

對此，澎湖縣政府26日就表示，縣府將設置的2快篩站設在機場外面，由貨櫃改裝，並由當地衛生局醫事人員、醫院或地方診所派出24名醫師和檢驗人員進行全天候檢測，目前已經採購足夠的快篩試劑，預計最快在27日下午啟用；若快篩結果是陰性，就會讓民眾返家，並提醒進行14天的自主健康管理，若為陽性，就會安排專車送院做PCR檢測，之後再驗出陽性，就會進行收治。

原先頒出「快篩令」後被中央撤銷的楊鎮浯，25日也在臉書表示，感謝中央的善意，並肯定中央聽見離島的聲音，指出縣府超前部署成立的快篩站雖然有些波折，但總算是確定下來了，一切將維持原計畫，將快篩站設立於金門航空站，並在26日中午正式啟用。

連江縣政府25日晚間也說，馬祖南竿機場、北竿機場也將從即起遵照辦理入境旅客自願性快篩，南北竿機場到站入口處都會設立入境旅客填寫健康調查表以及自主健康管理14天，快篩服務將由縣政府疫情指揮中心安排專車載送至連江縣立醫院、北竿衛生所大樓戶外快篩站進行。