中央流行疫情指揮中心被爆出，無差別式針對有萬華活動史的60萬民眾分析足跡，並在健保卡上註記，甚至調閱外籍人士手機網頁瀏覽紀錄，有貼標籤、侵犯民眾個資疑慮，挨批「恐怖國家機器」。對此，主持該場會議的指揮中心副指揮官陳宗彥表示，分析高風險民眾足跡和健保卡註記，都是防疫重要一環，「希望各界不要誤解。」

有媒體取得開會紀錄，發現指揮中心13日針對有萬華足跡民眾，發送60萬封細胞簡訊後，竟持續針對60萬支門號分析足跡，並要求電信業者篩出符合「萬華高風險族群」者，在健保卡上註記；甚至，指揮中心更針對曾出入高風險地區的外籍人士，分析其手機瀏覽網頁和足跡，投放廣告提醒防疫，其調閱資料和追蹤做法是否越線，引發議論。

對此，陳宗彥未否認，僅強調從去年開始執行防疫，遇到大規模疫情，都有經過數據分析，找出潛在風險。去年鑽石公主號事件，也曾發布過細胞簡訊，這次萬華造成高風險狀況，指揮中心先是針對60萬人發送簡訊，第二次再分析出更具風險的對象，再寄出15萬封簡訊。

由於日前曾有萬華民眾就醫，被醫療院所拒收，外界認為註記萬華活動史在健保卡上，根本是帶頭標籤化。對此，陳宗彥則說，指揮中心經相關分析後，認為應註記有高風險旅遊史的民眾，主要目的是提醒醫療院所，也讓醫師做診療時，能做出更好的判斷，「這是防疫重要的一環，希望各界不要誤解。」