疫苗接種率低已經成為不少亞州國家共同的困擾，《南華早報》指出，菲律賓現在面臨兩大問題：菲律賓人不想打疫苗，而且特別不想打中國疫苗。

根據《Our world in data》數據顯示，菲律賓從3月1日開始接種計畫以來，目前完整接種人數僅有98.7萬人，僅僅不到人口5%。而根據統計，目前菲律賓擁有550萬劑中國科興疫苗、250萬劑AZ跟19萬輝瑞。

《南華早報》報導稱，菲律賓人疫苗接種意願很低，而且特別不想打中國疫苗。5月17日有傳言馬尼拉市一家疫苗中心開始供應輝瑞疫苗，結果瞬間大排長龍，而提供中國科興疫苗的接種中心則是門可羅雀，甚至有些人預約了不來，導致每天都有剩餘劑量。

菲律賓防疫任務小組前資深顧問Anthony Leachon博士認為，這是因為美國製藥公司有良好安全又有效的紀錄。

目前菲律賓的接種流程地方政府優先給醫護人員、年長者和軍警值班人員接種。符合資格者預先登記，而且原本可以選擇要打哪一家的疫苗，如果當下沒有喜歡的品牌，可以過幾天直到有貨再打。由於官方認為可選擇疫苗廠牌導致菲律賓人接種率低，現在人們只有到接種中心才知道有什麼疫苗可打，如果拒絕則必須重新預定。但顯然接種率未有起色。

儘管官員呼籲每種疫苗都有效果，應該優先達成接種率，但一些觀察家認為「疫苗不可知政策」可能會有反效果。因為許多海外工作的菲律賓人工作國要求疫苗護照，而中國疫苗可能不被承認，這導致菲律賓人一旦回國打中國疫苗，就可能回不去工作。例如有30萬菲律賓移工的沙烏地阿拉伯，就僅承認BNT、AZ、莫德納跟嬌生四款疫苗。

So it seems the info is legit.
The PH government should look into this otherwise things will be difficult for our Saudi-bound OFWs.@raissawriter
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— c_bibi (@c_bibi) May 24, 2021

另一個原因是菲律賓人普遍接種意願低，民調顯示僅有61%的菲律賓人不願接種疫苗。官員甚至警告，如果菲律賓接種率低，可能危及東亞的經濟復甦。

「疫苗廠牌」不能選的政策也受到外界批評。參議員Sherwin Gatchalian表示可能加深民眾的恐慌。 Leachon博士也表示，不能選疫苗廠牌「侵犯人權」。

報導指出，諷刺的是杜特蒂上任以前，民調顯示菲律賓人對於接種疫苗（非新冠）意願還很高，但由於菲律賓政府在2015年啟動登革熱疫苗施打計畫，採用法國賽諾菲的疫苗，結果一年後杜特蒂上台，賽諾菲卻宣布疫苗可能對沒感染過登革熱的人有危險，導致菲律賓人對疫苗信心急遽下降。

Sherwin Gatchalian認為，最有效的方式就是政治人物出來做示範打疫苗，從總統、副總統、國會議長等最好通通站出來示範。實際上杜特蒂本來在5月初就公開接種了中國國藥疫苗。

5月初有傳聞菲律賓想退回中國疫苗，不過中國駐菲律賓大使嚴正駁斥，稱中國疫苗「成為菲律賓的施打主力軍」。