疫情嚴峻之際，總統府27日才曝光蔡英文總統與前副總統陳建仁於官邸開會的畫面，民進黨前立法委員郭正亮28日便在政論節目上爆料，外傳陳建仁將接手防疫指揮中心召集人一職，對此，行政院和總統府皆嚴正澄清，表示外界所謂換掉指揮官的傳言，均屬坊間謠言，絕非事實。

郭正亮28日在政論節目《平論無雙》中爆料，外傳陳建仁將接指揮中心召集人，更指出，現在是先讓他暖身，若疫情延燒到8、9月，陳建仁還有可能組「防疫內閣」對此，行政院發言人羅秉成先是指出，指揮中心指揮官陳時中的表現有目共睹，且指揮中心防疫團隊也非常辛苦，行政團隊每日都會由行政院長蘇貞昌親自召開跨部會防疫會議，給予指揮中心最大的支持和所需的各項資源。

羅秉成強調，行政團隊就是陳時中、整個指揮中心最大的後盾，外界所謂換掉指揮官的傳言，均屬坊間謠言，絕非事實。

羅秉成也提到，相關防疫工作不只是指揮中心的工作，也不單是陳時中一個人的工作，並指出，正因為蘇貞昌擔任行政團隊指揮官，讓各部會能夠充分整合資源，全力支援前線指揮中心，過去一年才能一再跨過各種危機，現在台灣面臨變種病毒的侵襲，唯有繼續同心協力才能度過難關，任何的傳言、猜忌、分化對於疫情都毫無幫助，也請勿再以訛傳訛。

此外，針對外界謠傳陳建仁將接任疫情指揮中心「召集人」一事，總統府發言人張惇涵28日也表示，這完全是無中生有，憑空捏造的謠言，嚴重悖離事實，總統府、行政院也未曾有郭委員所稱討論，並強調，既然自始沒有討論，更沒有後續的相關議題。

張惇涵指出，依照《傳染病防治法》及《中央流行疫情指揮中心實施辦法》，指揮中心的組織是由「指揮官」統一指揮，並沒有「指揮中心召集人」這個職務，並表示，郭正亮擔任過3屆立委，應該熟稔相關法規，若聽聞此類無中生有的訊息，應該可以協助澄清。

張惇涵也再次重申，在野黨及部分人士近日炒作撤換陳時中，是沒有必要的政治操作，政治語言對防疫也毫無幫助，陳時中跟在第一線打拚的防疫人員，依照專業進行疫情研判和防堵疫情；蘇貞昌統籌各部會協助防疫能量，以及推動紓困方案；蔡英文則與國安團隊，從國安角度跟戰略視野，掌握並加速推進疫苗進度，並部署國內經濟、金融、國安面向的穩定措施。執政團隊各司其職、各有分工、互相協助，執政團隊上下同心協力，只有一個目標，就是克服這波又快又急的疫情挑戰。

張惇涵呼籲，要落實的是防疫工作，是勤洗手、戴口罩、保持社交距離，尤其是明起適逢周末，呼籲大家非必要、別出門，一起做好這些，才是對防疫有意義的事，並強調，此時此刻，需要的是全民團結一致，落實防疫措施，最不需要的，就是這些干擾防疫工作的政治口水。