疫情持續延燒，指揮中心多次強調「雙北醫療量能足夠」，但醫護人員卻頻頻求助，現傳出馬偕醫院有院內人士向媒體爆料，院內負壓病房設備簡陋、確診病患擠爆急診卻還收治其他病患，甚至醫護裝備不足，N95口罩還得重複使用；對此，馬偕醫院澄清，負責急診、負壓隔離病房等醫護設備是充足，對於病人量十分龐大，院方正積極進行各項的改善。

本土疫情升溫，現有馬偕醫院醫師指出，醫護人員防護裝備嚴重不足，最重要的N95口罩一人僅2個，還要求重複使用；急診室滿載卻仍對外開放，確診病患排排躺在急診室，同時卻還有其他病患繼續就診，病患人數爆量但病房數卻不夠；醫院緊急改裝專責病房，但臨時空出的病房並無完整負壓，僅加裝電風扇排風，深怕有潛在風險。

對此，馬偕醫院也出面回應，院內的N95口罩是透過政府配發及與國內合格廠商訂購，隨著疫情升溫，需求大增，廠商數量無法補足，因此院內針對N95口罩做內部使用單位管控，但包括急診、防疫病房及負壓隔離病房都沒有在內部管控範圍內，上述三單位在N95口罩上的使用是沒有問題。

而馬偕醫院先前遭院內感染疑雲籠罩，台北市長柯文哲30日也已澄清，這是一個假新聞，並指出，馬偕封兩層是正在改建、整修，轉成防疫專責病房。衛福部次長石崇良也說明，由於馬偕的專責病房床數還沒有辦法達標，為了擴充專責病房的房間數，才封2層樓；院方也主動積極針對陪病人員做主動式篩檢，篩出陽性的個案也有通報匡列，並不是院內感染才封樓層。
 

馬偕醫院對此也強調，這不是院內感染的問題，目前該院配合政府政策擴增病房，哪一樓要轉作專責病房，都要向衛生單位通報；而負壓病房的抽風設備，則是為了保護員工，並指出，裝設排風扇是為了讓病房成為「微負壓」的狀態，如此讓病毒不會外擴在走道、護理站等區域，這樣是為了防護大家的空間使用，對員工來說相對安全。

針對馬偕醫師向媒體爆料，指院內防護裝備嚴重不足一事，指揮中心31日上午也召開臨時記者會澄清，副指揮官陳宗彥表示，防護物資絕對充足，呼籲地方及醫療院所務必提供足夠的防護裝備給第一線醫護人員，特別是N95口罩對醫療人員的保護非常重要，不希望再聽到有醫護人員有N95口罩重複使用的狀況出現，一定依照標準來做更換、更替使用。

陳宗彥也指出，因應這一波疫情，指揮中心從5月3日到27日，醫用及外科口罩，總共撥給地方3千8百多萬片，N95口罩235萬片、隔離衣有141萬多件、防護衣有21萬9千多件，因此防疫物資絕對充足，也會讓地方符合佔並存量標準，一旦地方有不足，就會立刻撥付。