針對診所私打疫苗爭議，台北市長柯文哲10日拿出4月21日疾管署公文反擊中央，表示若疫苗庫存量多，可在衛生局協助下，配送疫苗到其他合約醫院、非合約醫療院所，讓疫苗儘速使用，對此，指揮中心也在晚間回應，相關規定、流程、接種對象及順序均公開透明，有心人士切勿心存僥倖，以身試法。

關於公文爭議，起於指揮中心9日晚間對外表示，好心肝診所的醫護人員多已至院外接種新冠疫苗，而指揮中心也尚未許可基層診所提供新冠疫苗接種服務，北市府竟無視相關規定，任意將多達1000多劑疫苗撥給該診所，既違反規定，也不合情理。

事隔一日，柯文哲10日上午臨時召開記者會拿出疾管署的函文強調「北市府的作為是有所本」，公文中詳述「若合約醫院新冠疫苗庫存量過多，評估無法於期限內用畢，為使疫苗有效運用，可在轄區衛生局人員協助下，將疫苗配送至其他合約醫院、非合約醫療診所或衛生所，需要者盡速使用」。

對此，指揮中心晚間發表回應表示，所謂4月21日之發文是指揮中心於4月14日與衛生局召開協調會之紀錄，其中一項決議為若合約醫院 COVID-19疫苗庫存量過多，評估無法於效期內用畢，為使疫苗有效運用，可在轄區衛生局人員協助下，將疫苗配送至其他合約醫院、非合約醫療院所或衛生所，需用者儘速使用，調度以一次為限，運送時應符合疫苗冷運冷藏相關規範等；惟當時狀況係因一批疫苗即將於5月底到期，當時開放之公費對象接種意願低，故將疫苗進行靈活配置，於效期前提供開放之公費對象中的需求者接種，以儘速適當使用疫苗。

指揮中心進一步說明，自5月下旬起，因疫情致疫苗接種需求大增，指揮中心為保障第一線醫護及防疫人員安全，依ACIP COVID-19疫苗工作小組會議決議，以電子郵件通知地方政府衛生局，自5月24日起優先提供第一類至第三類人員接種，並視疫苗庫存量及接種規劃，提供3月22日至4月11日已完第一劑之醫護人員與因公務出國者接種第二劑，此外，必須暫緩「自費對象」以及「第一類至第三類同住者」接種；後續指揮中心撥配疫苗時亦皆限定接種對象，雙北地區以第一類至第三類未曾接種第一劑疫苗的醫事、防疫人員及高接觸風險者為優先接種對象，並未開放其他對象接種。有關好心肝診所接種疫苗的事件，疫苗效期至8月多，應無庫存量過多而無法使用之疑慮，且接種對象是否為開放接種之公費對象，為應釐清之重點。

指揮中心重申，有關中央政府有850瓶COVID-19疫苗置於台北市或轄內醫院一事，已於9日發布新聞稿說明，該等疫苗為指揮中心專案同意列冊施打對象，總計配送650瓶疫苗，其中差距之200瓶係為已送至台北市立聯合醫院仁愛院區，提供華航機師及機組員接種之疫苗，另80瓶為指揮中心提供中心內各部會及疾管署人員施打，目前剩餘30瓶。

而有關疫苗接種預約系統部分，於這次124萬劑疫苗接種規劃，係以運用現行合約醫療院所預約模式提供民眾接種服務；台北市政府所提指揮中心規劃之預約系統，係為大規模接種措施使用，目前正積極測試中。

最後，指揮中心強調，疫苗接種政策為全體國民重要權益，相關規定、流程、接種對象及順序均公開透明，如有違法事項絕對依法徹查，嚴正法辦，絕不寬貸，有心人士切勿心存僥倖，以身試法。