新冠肺炎本土疫情大爆發後，究竟破口在哪裡各界爭議不休，衛福部次長石崇良11日在立法院答詢時脫口說出「破口是萬華」引發輿論譁然，台北市副市長黃珊珊更公開要求石崇良道歉，指揮中心12日下午開記者會時，衛福部長、指揮中心指揮官陳時中為此表示，包含他自己在內，如果有發言不夠精確之處，要向大家道歉。

石崇良11日在立院答詢時表示，這波疫情調查，根據確診個案數、地理分布等科學數據後發現，是從萬華地區擴散到其他地區，主張應該要加強熱區的社區篩檢，此番發言被外界解讀成在給萬華地區貼標籤，引發各界議論。

台北市副市長黃珊珊隨即在臉書要求石崇良向萬華人道歉，12日黃珊珊陪同柯文哲視察南門市場時再度強調，萬華沒有得罪人，更是這次最大的受害人，直指石崇良「對不起萬華的民眾，更對不起雙北的市民」。

陳時中為平息風波，12日下午在疫情指揮中心的記者會上表示，包含發言人還有他自己，如果有發言不夠精確的地方，要向社會大眾來道歉，「我們有些發言，指揮中心或地方政府也一樣，對於話語不夠精確，會有傷害的話，要表達歉意。」

陳時中說，沒人願意染疫，這不是大家願意的，但病毒就是狡猾、無所不在，「我們的敵人是病毒，請大家提高警覺，不是要獵巫，團結才能戰勝病毒。」以前講到特定族群地區也會形成傷害，也充分了解、盡量避免，希望大家團結一致對抗病毒。