指揮中心宣佈13日起全國微解封，交通部台鐵局表示，13日起回復上下班通勤時間區間車17列次及區間快車3列次，另考量對號列車末班車有旅運需求，也將回復開行西線對號列車4列次及東線對號列車2列次。

台鐵局表示，依規定6月28日至疫情警戒第三級結束為止，台鐵局各級對號列車（太魯閣號、普悠瑪號、自強號、莒光號及復興號）禁止站票搭乘，持定期票或悠遊卡、一卡通等電子票證旅客，請搭乘區間車或區間快車，若使用站票搭乘對號列車，台鐵局將予以勸導請其下車，勸導不聽者，將移送鐵警局交地方衛生單位裁罰。

13日恢復上下班通勤時間區間車17列次及區間快車3列次，並同步回復開行西線對號列車4列次及東線對號列車2列次。13日回復開行後，意即平日停駛各級列車剩45列次、假日停駛剩65列次。

台鐵補充，列車停駛受影響旅客，台鐵局將協助退換票或改搭當日最近班次列車繼續行程；已購票旅客不限搭乘區間，均可自票面乘車日起1年內，持原車票至台鐵各車站窗口辦理退票，免收手續費，已完成網路付款未取票之車票及「臺鐵e訂通」退票的車票，手續費由台鐵局統計批次退款。