指揮中心開放第9、10類對象意願登記接種疫苗，隨著施打對象越來越多，就有基層診所指出，替民眾接種新冠肺炎公費疫苗，不能收取掛號費，每劑僅有100元處置費，補助太少、形同虧本。指揮中心指揮官陳時中21日表示，只要疫苗接種達一定數量，會再加發40元獎勵金。

中華民國基層醫療協會20日在臉書發文，指出為防治新冠疫情，接種疫苗力拼覆蓋率是當務之急，但以公費流感疫苗接種為例，除由CDC提供每劑之處置費外，診所得依各縣市所訂收費標準收取掛號費作相關行政費用，做維持合約診所基本營運現金流，可是，施打新冠肺炎疫苗行政流程，及衛教評估，相較流感疫苗更繁瑣，尤其留觀15-30分鐘空間需求，投入更多的人力物力成本。

該協會向衛福部發函指出，衛福部部鼓勵民眾踴躍接種疫苗，但確禁止基層的醫療機構收取任何費用，以提供不成比例的行政補助與所謂的獎勵來取代，甚至會不理會立法院通過追加預算提案中「院所行政費用150元」主決議，該協會對此表示遺憾。

針對基層診所不滿施打新冠肺炎疫苗僅補助100元一事，陳時中21日下午記者會中說明，協助接種新冠疫苗的醫療院所，除可領每劑100元疫苗處置費，達到一定目標數量，會再額外加發40元獎勵金，相關預算都已編列，會依照目前計畫來進行。

陳時中說，民眾到診所接種疫苗，也有其他症狀來看病，就可以收取掛號費用，相關的費用，疫苗是行政作業費用，民眾來看病是另外醫療費用，且疫苗的行政費用也已經編列。