針對中研院前院長翁啟惠案向懲戒法院上訴，7月底懲戒法院收到來自監察院的兩份意見相左的意見書，一份出自當時翁啟惠的提案彈劾監委之一王美玉，一份則來自今年3月提出新調查報告的監委蔡崇義、王幼玲和趙永清，引發外界對監院內訌疑慮。翁案新調查報告主查監委蔡崇義今（16日）特別說明，他強調，這兩份公文「性質不同」，王美玉的是有監院大小章的核閱意見「正式訴訟文件」；一份是「我們的核簽意見」供懲戒法院「參考」，兩者都有法源依據。

蔡崇義指出，王美玉的「核閱意見」公文是依《監察法》第16條和施行細則第11條，因翁啟惠提出上訴，懲戒法院當然要問監察院意見，依法由原彈劾案提案委員王美玉提出核閱意見回覆；但他們3位監委的「核簽意見」是依據「監察院各常設委員會簡化工作事項」第21條規定，「經召集人核定後移監察業務處處理，不提會討論」，所以他們的「核簽意見」經司獄委員會召集人同意後交「業務處」處理，同樣發文給懲戒法院，但該公文僅以監察院名義出去，但無監院大小章，僅供懲戒法院「參考」。

蔡崇義說，其實當時有監委說，「我們直接把核簽意見出去就好了，依規定只要召集人同意，我們其實不用送委員會追認」，否則也不會有8月11日的委員會議爭辯了，但他認為要「開大門、走大路」，事無不可對人說，所以還是把「核簽意見」送司獄委員會討論。

不過，蔡崇義等7月底出翁啟惠案的核簽意見公文時，蔡崇義亦同時兼司獄委員會召集人，所以3人的核簽意見公文「經召集人同意」交業務處，正是由蔡崇義自己同意。對此，蔡崇義並不否認，他說，擔任召集人時，當然只要涉及司獄委員會的核簽意見都由他同意，包括他自己的案子，每個月有1、20件都是直接由召集人同意就交業務處發文出去，過往都是如此作法，並不單單翁啟惠案。

蔡崇義話鋒一轉說，監察院就是在做糾錯的事，第5屆監委通過翁啟惠彈劾案，即使他們在第6屆提出了新的調查報告，但仍然沒有說是以前的監委辦錯了，因當時翁啟惠確實被檢方起訴了，但隨著判決結果出來，還有財產申報的訴願結果、國稅局也不追稅了，「現在情勢改變了」，所以他們提出新的調查報告，並提出核簽意見請懲戒法院參考，「這樣有什麼不行？」又不是監院彈劾了就不能再處理，監院不是連判決確定了，都還會想辦法平反嗎？

蔡崇義說，「儘管機會不大，我們只是希望再努力一下，給翁啟惠還有再審的機會，因此發文給懲戒法院參考！」