神學士在8月15日奪取首都喀布爾並且即將組成新的阿富汗政府後，中國便不斷為神學士說話，在外交上力挺神學士。《印度斯坦時報》認為面對神學士與中國結盟，流亡海外的東伊運可能選擇效忠ISIS-K。

東伊運全稱是東突厥伊斯蘭運動，主張建立政教合一的「東突厥斯坦伊斯蘭國」，東突厥也就是新疆，該組織主張新疆獨立，被中國認定為恐怖組織，美國也曾將該組織放在恐怖組織名單上，但在2020年川普任內移除。

東伊運是中國政府對外聲稱最擔心的團體，在神學士代表團7月造訪天津會見中國外交部長王毅時，王毅清楚強調神學士絕對不能窩藏東伊運。然而東伊運具體有多少影響力仍不為人知，當時美國政府將其從恐怖組織名單移除的理由是該組織銷聲匿跡已久，很可能不再存在。

王毅當時在會談中強調：「東伊運是被聯合國安理會列名的國際恐怖組織，對中國國家安全和領土完整構成直接威脅...希望阿富汗神學士同東伊運等一切恐怖組織徹底劃清界限，予以堅決有效打擊。」

外界好奇究竟中國是認真要打擊東伊運還是只是作為藉口。然而2003年東伊運首領買合蘇木遭到巴基斯坦軍方擊殺之後，就缺乏傷害中國的能力。但中國持續誇大東伊運的威脅，藉此合理化自己在新疆對維吾爾族人強烈的壓迫與鎮壓。

東伊運在阿富汗

《印度斯坦時報》報導稱，聯合國安理會2021年一份報告指出，大約有500名的東伊運戰士在阿富汗的巴達赫尚省並加入到神學士旗下，該省通過瓦罕走廊與中國邊界接壤。聯合國報告指出東伊運在阿富汗活躍，曾參與與阿富汗政府軍的作戰當中。

報導認為儘管中國不會像是美國或蘇聯那樣大量投入兵力到阿富汗，但會希望神學士對付這些東伊運成員。

Intelligence reports from #Afghanistan and Turkey indicate that ETIM group will shift its allegiance to ISKP as they fear #Taliban will act against them and hand them over to the MSS, the Chinese secret service.

(reports Shishir Gupta)https://t.co/JNDrPtE8I3

— Hindustan Times (@htTweets) August 30, 2021

然而神學士主要是在阿富汗南部活動，而這些東伊運成員主要在北部與其他少數族群在一起。若神學士要對付這些東伊運成員，恐讓他們叛逃，為了避免被神學士交給中國情報部門，東伊運有可能加入也是在北方的潘傑希爾反抗軍，甚至是與神學士敵對的「伊斯蘭國呼羅珊省」（ISIS-K）。

ISIS-K的整體目標是要建立伊斯蘭帝國，恢復過往伊斯蘭帝國的版圖，而且在ISIS的宣傳中，曾把中國也列入聖戰必須反擊的壓迫者對象，特別是中國不過新疆傳統上並不屬於歷史上伊斯蘭帝國的一部分。不過，南洋理工大學研究恐怖主義的分析師Nordirbek Soliev認為，無論ISIS是否真的對中國有威脅，中國主要還是拿東伊運跟恐怖主義威脅來合理化自己對新疆的鎮壓政策。

在與王毅的會面當中，神學士答應中國絕對不會窩藏東伊運，並且表示東伊運的思想跟神學士不同。

另外報導也指出，中國還需要神學士的另外一點是希望神學士可以說服「巴基斯坦神學士」（Tehreek-e-Taliban）不要攻擊中國在巴基斯坦的一帶一路建設項目。該組織曾效忠神學士領袖阿洪扎德，但行動獨立。