台灣目前擁有國內外四廠牌的疫苗，是否開放疫苗混打是近期各界討論重點，此外那些廠牌疫苗混打效果最好，醫界一直有不同意見。名醫、台北市立萬芳醫學中心醫師潘建志在臉書粉專發文，分析AZ，莫德納，輝端-BNT，高端，四種疫苗要怎麼混打，他的結論是「莫德納混高端，不建議。莫德納混BNT，很可以。AZ混mRNA，好棒棒。」

潘建志指出，4支疫苗都被設計成要打兩劑，因為第二劑疫苗會激發更全面更強烈的免疫反應，而有更好的保護力。理論上，第二劑的蛋白質抗原性質越接近第一劑，容易被第一劑寫入記憶體的記憶性B細胞T細胞辨認出來，對混打而言效果越好。

潘建志表示，如果單純的只看疫苗本身的蛋白質胺基酸序列，莫德納=輝端-BNT=高端，三種疫苗的抗原都是S-2P蛋白，而AZ是使用原始的S蛋白序例。但S蛋白和S-2P蛋白差異很小，1200+個序列只有6個不同，即兩個脯氨酸(Proline)和弗林蛋白酶點位的RRAR。只看胺基酸序列，四種疫苗在抗原表達上幾無差異，好像都能混打。

不過他也告訴網友，事情遠遠沒有這麼簡單，S蛋白或S-2P蛋白折疊起來後，表面上還會黏上一層聚醣盾。總共有22個胺基酸點位可以附著上長長的聚醣。而這些聚醣，對S蛋白/S - 2P蛋白的抗原表達有著很大的影響。

潘比喻，人類基本血型有4種，A／B／AB／O，就像輸血不能亂混，不然會出現免疫排斥反應，這是常識。血型的抗原來源是紅血球細胞膜上，以唾液酸結尾的醣蛋白。聚醣不同，表現出來的抗原免疫性就不同，甚至會被當做是身體外來的異物而被排斥。

潘建志說，AZ是由腺病毒攜帶DNA注入人體細胞的細胞核，再產生mRNA，再產生S蛋白。而莫德納和輝端-BNT，是由奈米脂質攜帶mRNA注入人體細胞的細胞膜，再開始產生S - 2P蛋白。這3種疫苗，S/S-2P蛋白的生產基地，都在你身上的細胞裡。

唯一不同的是高端次蛋白疫苗，它是由生物反應槽裏大量培養的中國倉鼠卵巢的上皮細胞（CHO），經過基因改造的技術，生產出來S-2P蛋白當做抗原，加上佐劑，包裝成針劑，再打到人體。

潘點出，關鍵差異就在人體細胞和倉鼠細胞生產出來的蛋白質，雖然胺基酸序列相同，但附著在外面的長聚醣鏈卻有種類和點位上的差異，表現出來的抗原性和其它疫苗有相當的落差。S蛋白要先接觸抗原呈現細胞，才能再引起B細胞T細胞反應。而接觸的點，就是聚醣。實驗証明，雖然要合成的胺基酸系列一樣，但生產的細胞(表達系統)不同，蛋白質翻譯後修飾 (PTM)系統就不相同，醣基化特徵就有差異，導致免疫反應也隨之不同。

潘建志專業分析完之後，也明白告訴民眾答案，他認為AZ，莫德納，BNT，這３種疫苗的都在人體中(而且是同一個人)合成S蛋白，醣基化相同，免疫反應接近，理論上可互為第一劑第二劑。高端哈姆太郎倉鼠疫苗，和其它３種疫苗免疫反應差別較大，比較不適合混打。

他認為，AZ和mRNA混打，是因為國際間AZ大缺貨和後來出現的血栓疑慮，所以才逼出來的策略，過去不同疫苗之間，哪有人在混打的。國外有不少混打臨床實驗証明可行的的論文，還因禍得福，發現混打反應更強。雖然AZ的S蛋白和mRNA的S - 2P蛋白有小小不同，由於都是在人體內生產出來，表面有影響抗原性更重要的聚醣盾包著，相似性非常高，第二劑裝成第一劑，身體是搞不太清楚的，會以為是相同的病毒再度入侵，而讓整個免疫系統動起來。

只是國外研究，還是建議AZ當做第一劑，mRNA當第二劑，效果比較好，反過來就不行。因為AZ的腺病毒載體，也會引起身體免疫反應，特別是第二劑的載體，會被第一劑激發的後天免疫大量中和抗體中和掉，也因此AZ第二劑幾乎感受不到副作用。結果AZ-mRNA的混打法，效果比AZ-AZ官方打法保護力好很多。

至於高端哈姆太郎疫苗，醣蛋白抗原表現和其它疫苗有差異，當別種疫苗的混打第二劑時，要激發第一劑生成的記憶性後天免疫反應可能效果不好。而且，全世界都還沒有其它的次蛋白疫苗上市，自然不會有混打的先例，台灣要從頭開始做臨床實驗。他建議讓高端疫苗現在專心放在自已混自已的第一劑和第二劑之上，等保護力和安全性的數據更清楚後，再來考慮混打的問題。