12歲到18歲的青少年將自22日起接種BNT疫苗，但各界憂心疫苗對青少年身體的影響；傳出香港建議青少年，改從大腿接種BNT疫苗，藉此降低心肌炎發生率。指揮中心召集人張上淳18日再被媒體問到此問題，他表示，從大腿接種疫苗對降低心肌炎發生率，至今沒有很強的科學根據，而且國內也沒有專家提此建議。

BNT疫苗即將在校園開打，12歲至17歲的青少年都採造冊接種，但因為年輕族群接種BNT可能出現罕見心肌炎副作用，香港就建議青少年改從大腿接種，以降低心肌炎發生率；對此，張上淳18日下午在指揮中心記者會上回應，衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組（ACIP）已舉行多次會議，但都沒有特別將此列為重要議題討論。

張上淳說，從大腿接種疫苗是否能避免心肌炎發生？在科學上並沒有很強的根據，與會專家也沒有人提到要這樣做。

另外，目前國內新冠肺炎疫苗接種人口涵蓋49.43%，劑次人口比56.17%，但有糖尿病患者被醫師列為次診斷，直到現在都沒被歸列為第9類接種對象，自認高風險卻遲遲打不到疫苗。對此，指揮官陳時中認為，特殊情況可請地方衛生局進行個案報備，但醫師當初沒將糖尿病列為主診斷，應有其考量。