立法院預算中心對國防部主管111年度預算提出評估報告中，111年度各軍種規劃委託國家中山科學研究院產製、整修武器裝備之作業維持及軍事投資案件，分別為141案及38案，預算編列81億9311萬元以及156億8214萬4千元（不包括海空戰力提升特別預算），但國防部與中科院簽訂契約或委製（修）協議書只有行政罰，未有契約納入違約罰金規定；但中科院與財政部、海巡署及警政署等機關簽訂契約，均依政府採購法契約要項將違約金納入罰則，曾因承製警政署「中央遙控警報系統維護案」未於期限內完成，被處違約金4萬7千餘元，國防部未確實督導所屬單位將違約金納入與中科院簽訂契約條款，有未臻妥適之處。

評估報告中指出，國防部110年4月16日就110年度中央政府總預算決議事項檢送立法院「檢討委製案計罰機制」書面報告，統計國防部106年度至109年度對中科院科研案及產製案任務延宕之懲處計28案，其中行政懲處9案、提出檢討報告19案，並無課處違約金之案件。依國防部說明：「中科院接受軍種委託執行軍事裝備研產任務，若以逾期違約金為罰則，收繳之違約金將以歲入繳回國庫，造成國防預算浪費；且對延宕研產任務之違失人員亦無實質之懲罰…。」

但是108年度及109年度中科院決算書資料中，中科院2年度違約罰款收入分別為2億2155萬1千元及2億5366萬8千元，其中多有中科院為執行軍種委託計畫所辦理採購案，向廠商計取違約金罰款收入，納為該院業務外收入，但國防部各軍種與中科院簽訂契約卻無違約金之罰則，妥適性有待商榷。

從中科院與財政部、海巡署及警政署等機關簽訂契約，均依政府採購法契約要項將違約金納入罰則，中科院在106年度因「中央遙控警報系統維護案」未於期限內完成，遭內政部警政署處違約金4萬7千餘元，亦顯國防部未確實督導所屬單位將違約金納入與中科院簽訂契約條款，容有未臻妥適之處。而且審計部也曾建議國防部宜督導所屬單位參考採購契約要項，於與中科院簽訂契約中訂定計罰違約金條款機制，以維權益。

因中科院近年承接國軍各軍種委託計畫百案以上，提供國軍各項武器系統產製及支援國內外武器系統裝備相關維修服務，中科院院能否依契約所訂如期如質如量提供約定勞務或財物，對國防武力及國防自主至為關鍵。但近年國防部與中科院簽屬契約或委製（修）協議書所訂罰則僅有行政罰，並未納入違約金之罰則規定，妥適性容待商榷。