清華海峽研究院於國立清華大學設新竹辦公室惹議，遭質疑中國組織滲透攬才。教育部目前已要求該辦公室停止使用並撤離，清華大學則堅稱從未以校方立場參與此事；對此，教育部長潘文忠9日表示，學校進行學術交流，常不管對象是誰，此案將全面盤點、嚴查，並祭出重罰。

教育部8日表示，10月26日接獲陸委會來函，認為違反台灣地區與大陸地區人民關係條例（以下簡稱兩岸條例）第40條之2「大陸地區之非營利法人、團體或其他機構，非經各該主管機關許可，不得在臺灣地區設立辦事處或分支機構，從事業務活動」。

教育部4日也函請國立清華大學校友總會，及國立清華大學就該新竹辦公室從事活動情形上報，將進行裁罰；至於該新竹辦公室，也已督導清華大學立即停止使用、即刻撤離。

對此，清華大學8日回應，清華海峽研究院為部分校友成立的服務校友推廣教育及創業機構，是向財團法人自強工業科學基金會轉租校內空間作為辦公室，機構非屬清華，校方也未曾知悉或參與其中運作。

不過，清華海峽研究院網頁曾發布，2016年4月28日在新竹清華大學設立該辦公室時，清華海峽研究院副院長郭樑，及時任副校長吳誠文街友出席揭牌儀式。

對此，清華大學9日回應，校內教師與主管應邀參加各界校友所舉辦的開幕剪綵等活動，以示鼓勵支持校友，本屬尋常，不代表學校知悉各活動辦理單位的工作內容，或參與其中運作，並再次重申，從未以校方立場參與，或推動清華海峽研究院工作，更不可能知悉國安單位近日所稱的中共滲透情事。

民進黨立委羅致政在立院質詢時，也問及教育部目前對此事的了解。潘文忠表示，經了解後，此事須跨部會處理，包括經濟部、陸委會等，而教育部已於8日要求撤離，9日也到現場速查、也會嚴辦。

至於教育部是否要全面清查所有大專院校，了解有無類似情況。潘文忠表示，現已函知所有學校，了解可能的相關合作案，因為兩岸條例非常明確，只要是中國黨政軍相關單位的合作，本身就是觸法，並不適用一般的學術交流。

教育部針對此事於9日發函各公私立大專校院，提醒各校進行兩岸教育交流，應嚴守兩岸條例法規及現行兩岸政策規範，不得涉有政治性內容，並要求各校強化自我監督及內控，審慎檢視交流對象與程序，保留完整審核及交流紀錄，確保兩岸正常有序的教育交流。

潘文忠也坦言，學校常利用學術交流的名義，可是卻不管合作對象是誰，「像這個案例，我們會嚴格徹查，也希望了解整體參與的情形」，並強調，教育部會全面盤點、清查，並祭出重罰。