中央流行疫情指揮中心17日才宣布已接種第1劑AZ疫苗者，18日可混打莫德納或是BNT疫苗意願登記。不料就有民眾投訴指出，澎湖縣已有診所偷跑，自行提前開放混打疫苗。指揮中心發言人莊人祥說，初步了解，是診所誤解指揮中心發的公文，有15人已混打，將調查釐清，屬實將開罰。

指揮中心16日才公布，目前第15輪預估，第1劑接種AZ疫苗，符合混打BNT、莫德納資格約97萬人，BNT、莫德納將一起開放，而第14輪施打預計到11月24日，亦即全台都沒有開放第2劑混打。

不過有民眾投訴爆料，澎湖有一家診所聲稱可混打疫苗，於是，他打電話給診所詢問時，診所就回說可混打。對被指「超前」混打，澎湖縣衛生局說，目前公告是孕婦、出國者、醫事人員先開放混打，已要求診所停打。目前澎湖疫苗涵蓋率以常住人口7萬人計算，第1劑超過9成，第2劑持續施打中。

指揮中心發言人莊人祥被問到此事時則說，初步了解，是該診所誤解指揮中心發的公文，現階段已有15人接受「AZ+莫德納」混打，衛生局已緊急通知診所停止混打，並澄清公文內容。至於會不會對該診所處罰，莊人祥說，將交由地方衛生局衡量。