針對論文造假案，2日張正琪召開記者會反擊台大校方，要求重啟審議；台大校方也立刻做出回應，指當時都有要求書面說明，當事人對懲處不服，還是可以提出申訴。

台灣大學指出，該案於2016年11月9日由教授郭明良主動向校方提請調查之初，校方即指定主任秘書為校方對外統一發言窗口，學校亦於次日啟動調查機制，隨後函請生科院及醫學院成立調查小組。醫學院調查小組之最後組成：校外委員4人、校內4人(含非屬醫學院之教授)，秉持公正、公平之原則進行調查。

台大表示，有關調查資料收集方面，經由收集各被質疑之論文；PubPeer網站指出之質疑處；台大特別委員會專家比對認定結果；第1作者及通訊作者對於這些被質疑論文之說明回覆；請第1作者提供原始實驗結果紀錄；各作者對自己參與研究、論文撰寫等貢獻度的說明、通訊作者對列名作者貢獻度的說明、後續對第1作者或重要作者追加詢問說明、相關學位論文及升等著作目錄等資料，提供給所有調查小組委員檢視。

台大說明，調查小組歷經8次會議討論，期間亦多次以電子郵件溝通討論，專家委員經交叉比對相關資料，當事人各次書面回覆說明(含當事人再提供資料、再說明、各當事人對同一論文說明)，小組委員依其長期從事科學研究專業對各篇論文逐篇討論是否違反學術倫理，最後綜整當事作者所負相關責任，調查報告送交校特別委員會認定，而後送校教評會審議。

針對張正琪要求重啟調查，台大表示，校教評會經當事人書面或蒞臨說明，並經校教評會討論及投票後，作成懲處決定或建議。若屬停聘、解聘、不續聘則須再經由系所教評會、院教評會及校教評會三級三審，當事人仍可再次於各級教評會審議時提出說明解釋。當事人亦可向本校教師申訴評議委員會提出申訴或向教育部提起訴願。

此外，台大強調，本案調查進行情形、委員組成、當事人說明、調查報告、相關資料亦依教育部要求，提供給教育部，教育部調查小組亦在進行調查中；科技部亦另組成獨立調查小組，收集資料進行調查中。本校調查認定結果是否正確合宜，均將由上級機關之調查小組再次檢視、驗證。本校除通知當事人可循管道申訴及進行校內後續三級三審之程序外，亦靜待教育部及科技部調查結果。（張家瑀／綜合報導）

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