受新冠肺炎疫情影響，機組員每月都需以鼻咽拭子「戳鼻孔」採檢，這項侵入性採檢容易造成機組員身體傷害，已多次發生機師在飛行途中，因氣壓變化大而發生流鼻血的嚴重後遺症，影響飛航安全。民航局日前也表示，鼻咽拭子採檢造成機組人員很大痛苦，已行文中央盼採其他方式採檢。對此，中央流行疫情指揮中心同意「國籍航空公司機組員得以鼻咽拭子、咽喉拭子及深喉唾液等採檢方式，擇一執行PCR檢測」。

機組員日前抗議，每月為了篩檢都需戳鼻孔好幾次，且陷入檢疫、出勤的輪迴中，讓不少人感到身心俱疲，民航公司請航空公司和工會討論，希望針對機組員派遣能更彈性，讓機組員有更多自由日。民航局副局長林俊良也說，戳鼻孔確實造成機組員很大痛苦，他們一個月要戳好幾次，確實很辛苦，因此上月已行文指揮中心，建議改以唾液等方式取代戳鼻孔的篩檢模式。

對此建議，指揮中心正式回函表示，「考量機組人員飛航頻率高，依現行防疫規定，平均每月2到3次鼻咽拭子的PCR檢測頻率，對機組人員鼻腔黏膜造成不適或傷害，因此指揮中心同意國籍航空公司機組員得以鼻咽拭子、咽喉拭子及深喉唾液等採檢方式擇一執行PCR檢測」。

至於有關恢復自宅居家檢疫、解除5+9管制措施等訴求，指揮中心指出，因涉及整體邊境管制和防疫政策，將視疫情發展情況，納入滾動式調整考量因素。

對此，長榮航空關係企業工會理事長徐瑋鍠說，機組員終於不用被戳鼻孔了，大家很開心，都覺得鬆了一口氣。徐瑋鍠說表示，機組員長期居家檢疫循環，身心都很疲乏，還要鼻咽採檢，只要想到要被挖鼻孔就帶著恐懼上班，現在能改唾液採檢真的很開心。

不過，徐瑋鍠還是希望能鬆綁居家檢疫規定，畢竟回國民眾都放寬到10+4了，盼機組員檢疫規定也能同步鬆綁。徐瑋鍠說，希望能開放在家居檢，不用再住防疫旅館，還能釋放百間防疫旅館給回台國人使用，是雙贏局面。