《工廠管理輔導法》（簡稱《工輔法》）修正法案2.0版2020年3月20日上路，要求違法農地工廠，在2年內須申請納管，但今年3月19日期限將至，全國約4.5萬家未登記的違章工廠，仍有近半數仍未申請，這些未登記工廠恐遭斷水斷電。業者陳情苦嘆法規不合理，民進黨立委林岱樺將針對農委會所規畫的「農產業群聚地區」聲請釋憲，檢視是否違憲或牴觸母法。

僅管具有安全隱憂，台灣違法農地工廠依然處處可見，「《工輔法》2.0」在2020年3月20日修法上路，要求低污染的既有未登記工廠，在2022年3月19日之前內申請納管，並於3年內提出工廠改善計畫，在10年內設法取得「特定工廠登記」，最後須在20年內完成地目變更，走向合法。

「《工輔法》2.0」歸納對象包含，對於2016年5月20日之後設立的農地違章工廠（新增未登記工廠），採取「即報即拆」、「斷水斷電」的措施。至於該日期之前設立的農地違章工廠（既有未登記工廠），高汙染者將輔導轉型、遷廠，否則斷水電、拆除；低污染者，則可依循規範，由政府納管。

經濟部中部辦公室表示，4.5萬家未登記工廠中，已有2.3萬家申請邁向合法化，今年3月19日納管申請截止日後，在「不能納管地區」的未登記工廠，將交由地方政府視稽查量能，給予斷水斷電。但業者想取得「特定工廠登記」須自費改善消防、環保及水利設施，對小業者仍具門檻，眼看2年期限將近，多數並不願意配合。

據環團估計，由民眾檢舉，農地違章工廠自2019年起，由已知的4.5萬家，擴增到近期的5.4萬家，與官方實際的統計數字，落差近萬家。環團擔憂，地方恐有更多農地工廠黑數尚未列管。

經濟部與農委會另針對位於「農產業群聚地區」的1134家既有低污染未登記工廠，同時增列3項但書，包含從事農業相關行業別或製程者，位於都市計畫區、非都市土地的鄉村區、工業區，或是1公頃以上由建築用地為主，形成的聚落範圍內者，以及位於農產業群聚地區邊緣者，仍然可以納管。

經濟部說明，即使新增上述但書，申請納管的工廠只有近140家，也有業者陳情，部分地方政府並未按照但書予以實質審查，就決定不受理。

其中，有農地工廠業者陳情，對於申請過程與項目表達不滿。現況是，若農地有地層下陷或鹽化等不具優良農地性質的情況，無法當農地使用，工廠就無法申請特地工廠登記（簡稱特登）。並且，根據法規，特登工廠的輔導對象為生產物品或加工廠，維修廠並沒有生產產品，無法納入輔導對象，「這些不合理的規定會逼業者走上街頭」。

違法工廠以中南部為大宗，但「農產業群聚地區」劃設範圍內，衍生問題層出不窮，林岱樺指出，高雄的「農產業群聚區」分布在農漁村，對地方經濟具一定貢獻，農委會僅靠套圖畫設，沒有實地下鄉會勘或聽取民意，連地層下陷或不利耕作的地方也被劃入，一旦特登結束，工廠永無翻身機會，農地本身因整治成本過高，也不可能恢復農用。

林岱樺表示，農委會使用的農產業群聚區，從憲法到任何法令都沒有出現過，「這是荒謬的行政作為，可能已經牴觸母法工廠管理輔導法」；目前除陳情行政院，也思考聲請釋憲。

民進黨雲林縣立委蘇治芬提及，有許多工廠因時代變遷，例如製造掃帚畚箕原料，從竹稻變塑膠，是否認定為與從事農產有關；此外，「農機廠或與農業相關產業小工廠，難道都要排除納管之外？」她指出，經濟部提出的納管整頓違章是好事，但農委會的限令讓規章執行綁手綁腳更加複雜化，保護良田與違章管理如何平衡，需跨部會協商。

經濟部中辦主任郭坤明表示，地方業者對於申請納管有困難，先請有意願合法化的業者繳交申請書，才有機會進入審認程序，經濟部將追蹤地方政府後續審認的結果，目前已請各地方政府積極通知業者。

對於部分工廠無法申請納管，農委會企劃處長莊老達則說，應先思考「當初為何要違法」的問題，並強調，農委會立場以保護優良農地，並確保糧食安全，食品安全為目標。