指揮中心從2020年2月5日開始，對居家隔離者和居家檢疫者施以電子圍籬，而依聯合國和歐盟陸續頒布相關人權及資料保護指引，外界質疑相關措施有適法性及侵犯隱私權疑慮。監察院23日通過監委王幼玲、王美玉及高涌誠提出的調查報告，認為在程序、行政透明與個資保護及法制等面向確有不備之處，提醒指揮中心正視並妥善處理，使防疫及人權可以併行。

監委指出，台灣的科技防疫確實達成保障全體國人健康的效果，但新冠肺炎疫情至今仍有瞬息萬變的特性，相關管控措施被迫匆促上路，難免有影響被管制對象的自由與權益等相關疑慮。

以電子圍籬而論，2020年1月28日決定實施電子圍籬後，2月5日旋即實施，同年1月底的鑽石公主號事件，就已大規模索取個資，並以基地台定位技術實施電子圍籬偵測，但是同年2月5日及24日始分別檢附「運用智慧科技輔助居家隔離及居家檢疫作業流程」及其修正版函請地方政府配合辦理，遲至同年3月8日始正式公告實施，系統服務平台至同年3月26日方簽約生效。

對於指揮中心直到5月28日，才公布「COVID-19因應指引：實聯制措施指引」，監委認為，明顯未依循「先程序，後實體」的原則，指揮中心縱因疫情緊急未依嚴謹程序辦理，仍應趁國內疫情獲穩定控制時，盤點疏漏不足的地方並研謀改善，以增加我國人權保護形象。

調查報告中進一步說明，台北市萬華區部分民眾健保卡遭註記，而衍生就診被拒之爭議，也有程序及行政透明的相關問題；聯合國人權指引和歐盟都曾提出相關「透明原則」。然而萬華區高風險族群自2021年5月15日至29日遭納為健保卡註記對象，卻至28日即將結束註記之際，才於記者會宣布，顯然與上述原則有相當落差。

至於個資保護部分，監察委員指出，2020年1月28日「大數據防疫研商會議」決議「疫情結束後……依指揮中心指示銷毀疫情期間所整合及蒐集之資訊」，然而電子圍籬實施後4個月公布之「COVID-19因應指引：實聯制措施指引」始有「至多28天」之明文。

經調查後發現，指揮中心雖能提出電子圍籬系統平台刪除個資的記錄檔，但系統自2020年1月至2021年8月蒐集門號數高達66.6萬門，屬於中華電信門號的異常告警簡訊筆數即達165萬餘則，這些簡訊應遵循「電信事業用戶查詢通信紀錄及帳務紀錄作業辦法」中的「通信紀錄及帳務紀錄之保存期間自紀錄發生時起算至少1年」之規定，似與指揮中心規定28天刪除有所牴觸；則通信業者所發送的出框簡訊，究應遵循指揮中心指示的28天，或是作業辦法規定的1年保存期限，仍有待指揮中心確認。

而在法制層面，監委指出，指揮中心雖一再說明，相關防疫措施是立法者授權指揮官於疫情防治方法選擇上的彈性，而且對於受監控者自由權及隱私權的干預，與全體國民生命安全及身體健康相比，兩者間並未顯失均衡，符合《憲法》中的比例原則；但3位監委認為，「常態法緊急化」、「例外狀態常態化」將模糊緊急與常態間的界線，恐會形成行政擴權的潛在風險。

對於國內疫苗接種覆蓋率大幅提升下，疫情有朝向「長期」且「常態」方向調整的趨勢，監委指出，現階段電子圍籬使用空白授權的正當性與急迫性，與疫情早期「避免緊急危難」等情勢不可等量齊觀，呼籲指揮中心應把握疫情和緩及穩定控制期妥善處理，使人權保護的相關配套機制及措施，與我國亮眼的防疫成績可以兼顧併行。