中央行政機關組織基準法在立法之初，院版名為中央政府機關組織基準法，適用於五院，並準用於總統府及國家安全會議。惟在立法過程中，為限縮政府組織再造對象為行政院，乃定名為中央行政機關組織基準法。

不料在委員會審查最後一刻，蔡啟芳委員提出修正動議，增列規定「本法於行政院以外之中央政府機關準用之」，並獲通過（立法院公報第92卷第47期頁447），即為現行條文第38條，使得立法意旨回到原先規範中央政府機關的狀態，可謂峰迴路轉。

行政院以外之中央政府機關並不受行政院指揮監督，是否能如實準用本法，根本值得懷疑。以總統府為例，根據總統府組織法第17條，中央研究院隸屬於總統府。總統府為一級機關，中研院為其所屬二級機關，其組織依中央行政機關組織基準法第38條，應準用本法規定。

就機關副首長而言，準用中央行政機關組織基準法第19條第2項，中研院為二級機關，得置副首長一人至三人，其中一人應列常任職務，其餘列政務職務。反觀中研院組織法第3條第1項後段，中研院置副院長二人或三人，職務卻均比照簡任第十四職等，皆列政務職務。

有關中研院幕僚長，準用中央行政機關組織基準法第20條第1項，僅一級機關置幕僚長，稱秘書長。中研院為二級機關，得視需要，置主任秘書或秘書。反觀中研院組織法第23條第1項前段，中研院卻置秘書長一人。

更有甚者，為中研院副幕僚長，準用中央行政機關組織基準法第20條第2項，僅一級機關得視需要置副幕僚長一人至三人，稱副秘書長。中研院為二級機關，不應置副幕僚長。反觀中研院組織法第23條第1項後段，中研院卻置副秘書長一人。

近年中央研究院發生諸多行政管理疏失，雖貴為學術研究最高機關，但在組織上，值得檢討調整之處不在少數。準用中央行政機關組織基準法第35條第2項，中研院組織法與本法規定不符者，應由總統府限期修正。

「其身不正，雖令不從」語出《論語．子路》，意思是在上位者若不修身正己，則在下者不服從其命令。從總統到總統府，再從總統府到中研院，上位者與法治的距離，從中研院的組織合法性即不難想見。立法院與監察院對此還能繼續坐視不管？

※作者為法學研究人員