國安局長陳明通因捲入前新竹市長林智堅論文案備受關注，被多位的國民黨立委詢問是否要余正煌和台大道歉？陳明通在立法院表示，因為角色關係，「陳局長不回答陳教授的問題」。但用據了解方式回答，目前陳教授在律師陪同下，向台大社科院調查小組做出完整說明，並提供相關證明文件供調查小組參考，案件正分由教育部訴願及司法程序當中。

立法院外交及國防委員會今天（6日）邀請國安局長陳明通等情報機關首長進行業務報告，委員會除了陳明通訪問泰國行程遭曝光外，另外就是陳明通捲入前新竹市長林智堅論文案，馬文君質詢時表示，陳明通是陳局長也是陳教授，她的問題很簡單，陳明通數度為林智堅做出說明，卻傷害了余正煌，余也是公務體系人員，若遭受如此委屈，陳明通是否要向余正煌說聲對不起？賴士葆也以身為教授身分質詢時表示，陳明通把台大在職專班，變成學店，要不要向台大道歉。

陳明通重申，他要再講一遍，「陳局長不回答陳教授問題」，但陳明通唸出一段聲明，陳教授日前已在律師陪同下，向台大社科院調查小組作出完整說明，同時提供多份經由台北地方法院所屬民間公證人公證的相關證明文件，供調查小組參考，案件正分由教育部訴願及司法程序當中。至於賴士葆的質詢，陳明通從頭到尾都以「謝謝」回應。