論文風暴一路從選舉燒到了原能會，隸屬於原能會的核能研究所，遭爆包括所長、副所長、處長等31名高層主管，為了升遷竟涉嫌抄襲論文，或將自己的博士論文轉成升官論文，已經違反升遷規定，而原能會接獲檢舉後竟涉嫌包庇。對此，原能會強調，31名被點名高層所提交的31篇論文，均與升遷無關，並痛批爆料者說謊。

據《鏡週刊》報導，一名任職核研所的A先生爆料，指2年前在與一名同事聊天時，無意間得知所內有人為了升遷，違規將畢業論文轉成升官用的研究報告，他一查之下，發現包括所長陳長盈、副所長李海光在內的31名高層、主管、研究員，都涉嫌抄襲論文。

A先生也解釋，核研所的升遷規定中，明明紀載著「當事人必須提交在職5年內的研究報告，且報告不能是自己的博士、碩士論文，不能抄襲、也不能重複發表，或沒有適當引註」。

而A先生也聲稱，他查到核研所長陳長盈2012年升職時，提交論文的內容，竟然與台大一名林姓碩士生的論文一模一樣；而副所長李海光的升職論文，則是從自身博士論文的內容分拆、重組。而類似的情況，也發生在其他29名高層、主管或研究員身上。

A先生也說，自己曾具名檢舉，但卻被曝光身分，而檢舉至今已約半年，原能會卻完全沒有任何調查，讓他十分不服，不排除將資料送往監察院。

而針對爆料指控，原能會澄清的確有3篇研究報告曾遭檢舉與碩博士論文雷同，經查後已依規定下架，但爆料者指控抄襲的31篇研究報告都與升遷無關，但為了公信力，目前已委請外部專家審查。