調查局調查官余正煌指控新竹市長林智堅抄襲論文違反《著作權法》，余正煌律師表示，當初余正煌把自己論文初稿寄給陳明通時，刪除引註部分。陳明通給林智堅時，或許林智堅在抄的時候並沒有注意，因此林智堅都沒有引註，可見林智堅的抄襲事實非常明顯。

不過，余正煌律師團晚間也發聲明，同時指出，余正煌碩士論文均是自行撰寫完成，不存在抄襲林智堅所稱「公版」的情形；林智堅所主張2016年2月1日撰寫的文字，都是余正煌撰寫後交給陳明通，但為了避免被他人抄襲，而將以APA註釋部分移除，所以林智堅所稱的「初稿」，均無任何APA註釋。

聲明透露，陳明通今天所發出的聲明稿，稱「只是余正煌增加一點文獻探討，並引註」等語，純屬無稽。蓋凡寫過文章及論文者均知，一篇沒有任何註釋的文章，是不可能知悉相關文字的出處，更不可能大海撈針地把引用文章找出來，此乃常識問題，不懂身為一個教授、且貴為國安局長的人，竟然提出此種看法。更批陳明通為本案利害關係人，事涉自身退休前擔任台大教職的正當性，應尊重台大內部調查，並靜候法院審理釐清，不應為左袒林智堅，一再書立聲明稿、透過媒體放話，而有失身為人師應有的風範格調。

對於陳明通主張2016年2月1日來源為陳明通撰寫「公版」，律師團認為，而此「公版」整篇欠缺註釋下，質疑陳明通身為台灣大學資深教授，豈非自認大量抄襲其他學者的著作，而未有引註，如此說法顯然荒謬至極。

最後，律師團更呼籲陳明通身為國安局長，在國際情勢動盪、兩岸情勢不穩，卻以私害公，為了林智堅論文，傾全力對付余正煌，恐與身兼國安局長重責大任有違，務請三思。

媒體人黃揚明也對陳明通提出鄉段質疑，指出陳明通是在考驗大家記性? 黃揚明指出，台大學倫會先前已認定余正煌有一份「2016年1月28日」的版本，但林智堅卻不斷強調最早的版本是「2016年2月1日」，而陳明通也曾寄送「2016年2月1日」林智堅版本給楊玲宜，但陳明通卻無法證明先前是如何取得這份檔案。

台大國發所碩士班畢的調查局調查官余正煌，針對同所畢業的前新竹市長林智堅，提出違反《著作權法》自訴案，台北地方法院昨天開庭審理。

余正煌律師吳俊達昨天還用紅字標33處「一模一樣」論文內容，指出，內容中有些甚至連錯字都一模一樣，林智堅抄襲事實非常明顯。

余的律師吳俊達還說，余正煌論文都有「引註」，標示引用國內外學術期刊，但林論文中，引註部分全部不見了，這是當初余把自己的論文初稿寄給陳明通時，刪除引註部分，陳明通又給林智堅時候，或許林智堅在抄寫時，沒有注意到這部分，所以，林智堅都沒有引註，可見，林智堅抄襲事實非常明顯。

對此，陳明通今天傍晚透過律師陳昱龍發表聲明書，其中，還拿出「2016年2月1日林智堅研究計畫、2016年3月8日余正煌研究計畫、2016年7月21日余正煌碩士論文」的對照表。

陳明通在聲明中提及，媒體今天報導余正煌委任律師聲稱，是當初余正煌把論文初稿寄給他時，刪除引註部分，所以他寄給林智堅時，或許林智堅抄的時候沒有注意，才沒發現引註問題，可證林智堅抄襲事實非常明顯，「此等言論顯然與事實不符」。

陳明通聲明強調，他在2016年1月5日以電子郵件寄送論文寫作底稿及格式給余正煌參考，檢視余正煌最近向法院所提證據：當年1月28日的論文進度，他發現在論文最核心的研究設計部分根本毫無進度，仍停留在1月5日他交付余正煌的論文寫作底稿階段。

此外，同年2月1日林智堅的研究計畫，在陳明通指導下，已完成雛形，從1月28日到2月1日，仍屬這個領域初學者的余正煌，不可能在短短兩、三天，完成研究設計寫作，更沒有交付或email給他其論文最新進度。他更無從、無理由將余正煌的檔案寄給林智堅。陳明通更表示，所謂林智堅抄襲余正煌論文，完全不是事實。

陳明通提及，同年2月中旬余正煌來找他，他將2月1日林智堅已完成雛形的論文計畫給余正煌參考（以拷在余正煌所提供的寫作進度上），事後，從余正煌同年3月8日寄給他的研究計畫，及最後的論文，在研究設計方面，絕大部分皆來自林智堅2月1日的內容，只是余正煌增加一點文獻檢討，並引註「這是因為陳明通鼓勵余正煌進一步發揮的結果」。

陳明通認為，研究生寄送論文電子檔給論文指導教授或師長時，為求論述正確性及確認依據，依常理應寄送完整論文電子檔，但余正煌委任律師提及余正煌會先自行刪除引註，卻完全未見其有任何舉證以實其說，不僅難以理解，更與一般經驗與論理法則相悖。

陳明通強調，聲明書所提相關證據與公證書，他已交付林智堅委任律師提出，謹供法院審理，以釐清並還原事實真相。