第一階段公費流感疫苗已開打，有媒體報導，不少地方政府禁止高端疫苗進入校園，高端集中到醫院端，但部分民眾不願打高端，讓醫院出現疫苗庫存，無法再向疾管署訂貨，造成接種進度緩慢。對此，疾管署澄清，從 10 月 2 日至 10 月 18 日止，公費流感疫苗已使用約 226.3 萬餘劑，接種進度較去年同期 212.6 萬劑，增加約 13.6 萬劑。

目前公費流感疫苗4種廠牌疫苗採購量與比例，分別為國光生技 349 萬 3,450 劑（占 50%）、賽諾菲 192 萬 1,400 劑（占 27.5%）、東洋藥品 86 萬 4,630 劑（占 12.4%）、高端 70 萬 7,420 劑（占 10.1%），皆按各廠牌採購數量的比例配送至各地方政府衛生局，再由各地方政府衛生局再做分配至轄區合約院所提供民眾接種。

「往年公費流感疫苗多在開打前幾週打氣最好，今年亦呈現如此趨勢，雖然今年國慶連假較去年長，故連假接種量較低，但整體接種進度並無緩慢情事。」疾管署說明，根據疫苗配送和施打系統資料顯示，各廠牌整體施打情形皆相當，全國 4 千多家合約院所獲得的疫苗廠牌，衛生局亦皆適當分配，絕非報導所述因民眾想挑選施打廠牌而無疫苗可打之情形。

疾管署呼籲，流感疫苗在國內外已有數十年使用經驗，國內上市的流感疫苗不論廠牌在保護力與不良反應發生率上均無差異，民眾可接種任一符合仿單適用年齡之流感疫苗。目前流感疫情仍持續，接種疫苗是預防流感最有效的方法，可減少流感併發重症風險、降低死亡率，請符合公費流感疫苗接種資格民眾儘早接種。