台南市10月31日在歸仁區，有1例經病毒分型結果為第二型。衛福部疾管署副署長羅一鈞表示，第2型個案每天往返歸仁住家和高雄工作地，較沒有台南市其他地區活動史，且是單一個案，是否與高雄市第2型病毒有關，仍待確認。由於，台南登革熱病例數逐步減少，下周起，非熱區恢復PCR或血清抗體確診，以掌握目前流行型別。

台南市衛生局10月31日指出，歸仁有一例經病毒分型結果為第二型，與台南市流行的第一型不同，經疫調結果有高雄足跡，因此需盡速進行孳生源清除，以防感染不同型別增加罹病嚴重度。

羅一鈞表示，第二型個案每天往返歸仁住家和高雄工作地，較沒有台南市其他地區活動史，且是單一個案，是否與高雄市第二型病毒有關，還需要進一步定序確認，但因沒有當地活動史，所以，擴散風險低。

第二型感染個案若發生在第1型流行地區，需擔心交叉感染提升重症、死亡風險，且往年第二型大流行時，重症死亡人數也會比第一型流行時多，因此，希望第二型疫情能獲得控制。

羅ㄧ鈞也指出，目前台南病例數有遞減趨勢，因此，已建議台南市，將快篩陽確診區域限縮至10個熱區，非熱區將恢復PCR或血清抗體確診，因為目前診所做的快篩，無法得知確診的登革熱型別，然而，歸仁個案剛好是去實驗室醫院，加做PCR分型才得知是第二型。所以，從下周開始，恢復非流行熱區PCR檢驗，確認冷區個案有無偽陽性。

最後，疾管署呼籲，請民眾持續落實「巡、倒、清、刷」並配合衛生單位防治措施，並留意身體狀況，進行戶外活動時，務必加強個人防護措施，穿著淺色長袖衣褲，使用政府機關核可含DEET、Picaridin或IR-3535等有效成分之防蚊藥劑，如出現發燒、頭痛、後眼窩痛、肌肉關節痛、出疹等疑似症狀，務必儘速就醫，並告知醫師旅遊史及活動史。