台灣與巴拿馬斷交後，雙邊關係定位及互動模式，影響我國在中美洲經濟戰略佈局，其中我國與巴拿馬的FTA是否繼續有效，備受矚目。由於我國所簽署的雙邊FTA僅有7國，較邦交國數更少，若台巴FTA失效，將使我國FTA覆蓋率降低；台巴後續談判，也因此成為左右台巴FTA的關鍵。

我國目前分別與巴拿馬、瓜地馬拉、尼加拉瓜、薩爾瓦多，宏都拉斯等5國簽署FTA，另外也有與新加坡與紐西蘭簽署經濟夥伴協議（ECA），若與巴拿馬的FTA失效，台灣則會痛失一個少數與台簽FTA的簽署國。

知情人士表示，相關協商仍待巴拿馬方面回覆後，才會有較具體方向；至於台灣日後是否與巴拿馬互設經貿辦事處等機構，我國「沒有預設立場」，優先考慮國家尊嚴與利益。

對於我方的談判籌碼，知情人士表示，我國目前有長榮、陽明海運在地投資，以及300名台商與僑民，都可以當作談判籌碼，但「都要下一步談」協商過程中，巴拿馬戰略地位也會列入重要考量。

至於未來要如何施行，如何終止目前都都在協商，知情人士表示，巴國代表也說要請示高層，依高層而定。而我方認定目前「暫時有效」。不過，相關協定的研議，外交部條法司也在研議中，最主要還是要看巴拿馬方的態度而定。

根據經濟部國貿局統計，2016年台灣與巴拿馬貿易總額1.6億美元，其中對巴拿馬出口1.33億美元、進口2754萬美元，為對台貿易國排行第72名，比重僅0.031%，為對台貿易國排行第72名。財政部統計處處長蔡美娜日前表示「巴拿馬占台灣整體出口總額和比重都極小，斷交後對台出口衝擊微乎其微。」

我國於2004年與巴拿馬簽署FTA，據經濟部國際貿易局資料，簽署時預估巴拿馬對台關稅，第1年從6.37％降為5.25％；5年後平均稅率降到2.29％；10年後降到1.68％。

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