為維護高雄市海域水質環境，高雄市政府海洋局透過辦理「高雄市海域環境監測計畫」檢測結果顯示，去(2023)年海域水質皆符合海洋委員會所訂「海域環境分類及海洋環境品質標準」，其中民眾所關心海域重金屬(如鎘、鉛、六價鉻、砷、汞、硒、銅、鋅、錳、銀、鎳)濃度皆低於法規標準。

高雄市政府海洋局長黃登福表示，為維護市轄海域環境及防治海洋污染，今（2024）年更向海洋委員會海洋保育署成功爭取到補助經費193萬8仟元，配合海洋局預算216萬2仟元，共計410萬元，持續辦理高雄海域環境監測工作。由於海域鄰接各河川出海口、軍港、商港、漁港、海岸公園區及其他海岸地區等，其海域水質常受到自然環境變化或人為因素呈現劇烈變化，造成對海洋環境的不利衝擊。海洋局執行海域環境監測，可有效掌握高雄各區海域水質現況，了解每一海域垂直水層的分布水質概況，以全盤了解高雄海域立體空間的全貌。

海洋局指出，自2004年起依據「海洋污染防治法」執行市轄海域監測作業，2011年縣市合併後，將原有14個監測採樣點增至現有36個，範圍北起二仁溪出海口，南至高屏溪出海口，其監測頻率為每季監測一次水文及水質、每半年監測一次底質及生態，並定期將監測結果上傳至海洋環境資訊系統網頁（http://kcmb.nkust.edu.tw），以提供民眾查詢高雄海域環境監測資料。