因應中國海空軍航空兵力進行繞台跨區訓練，即將成為常態性的訓練科目，成為新的敵情威脅，為統合國軍短、中、長程防空飛彈防禦火力，讓聯合防空指揮體系與部隊結合的作戰需求，「防空砲兵指揮部」及「防空飛彈指揮部」在今天9月1日整併編成「空軍防空暨飛彈指揮部」，並於台南空軍基地舉行編成典禮，空軍透過地面部隊校閱、防空武器裝備陳展及空中分列式，充分展現我國防空能量與決心。

「空軍防空暨飛彈指揮部編成典禮」由空軍司令沈一鳴上將主持，並邀請防空部隊前輩及先進們參與防空飛彈部隊再次回到空軍。

空軍為重視防空飛彈部隊的再次「回歸」，在編成典禮上特別安排動態操演，由IDF、幻象2000、F-16、F-5型機及AT-3雷虎小組進行空中分列式，共計7梯次、37架次震撼衝場，特別以作戰隊為單位依序衝場，顯示空軍空中戰力與作戰效能。

「防空砲兵指揮部」一直隸屬空軍，前身為「空軍防砲警衛司令部」，2006年1月配合「和平專案」，警衛兵力移編憲兵司令部及執行「長泰專案」，將飛彈司令部所屬防空飛彈部移編空軍，併編本部成立「空軍防空砲兵司令部」；同年8月16日將指揮部自桃園市八德區更寮腳忠勇營區搬遷至台南市仁德區長安營區現址，2012年2月16日執行「安泰專案」，防空飛彈部隊改隸國防部參謀本部防空飛彈指揮部、2013年4月1日儀隊連移編司令部勤務中隊。2014年11月1日將國軍防空砲兵訓練中心移編教準部。

防空飛彈指揮部原隸屬於陸軍，1959年陸軍正式接收美軍力士飛彈裝備，第一支飛彈部隊正式成軍，1960年陸軍飛彈第二營編成，專責鷹式飛彈裝備，1964年完成整訓後，鷹式飛彈正式擔任戰備任務，1996年向美國採購愛國者飛彈系統，編成愛國者飛彈營，執行反制飛彈任務，2004年納編海軍海鋒大隊改為直屬「參謀本部飛彈司令部」，2006年依「精進案」第二階段組織調整，整併中、高空防空飛彈部部隊，編成「參謀本部防空飛彈指揮部」，將防空飛彈、制海飛彈部隊劃分給空、海軍，制空飛彈由防空砲兵單位管轄。2012年則再度自空軍收回愛國者、鷹式、天弓飛彈等制空飛彈，編成「國防部參謀本部防空飛彈指揮部」，今年3月則將飛指部改隸空軍，更銜為「空軍防空飛彈指揮部」。

經過多次單位異動，蔡英文總統上任後，軍方重新研討戰略規劃，自「有效嚇阻」改為「重層嚇阻」，整併後可有效整合運用防空飛彈戰力，擔負聯合防空作戰任務，使防空作戰指管事權統一，以因應未來的敵情威脅。

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