受慶富聯貸案影響，海科館於12日與慶富集團旗下子公司慶陽解約，而此舉對於有「最美的臨海線」之稱的台鐵深澳線營運也造成影響。

經鐵路管理局估算，深澳線自2014年復駛以來，年虧損3000萬元；而慶富子公司慶陽當初承包海科館工程時，也負責承擔深澳線營運費用，每年協助分攤1000萬元營運成本。但在解約後慶陽將不再之付該筆款項，海科館表示，望與台鐵協商負擔權責。

台鐵表示，深澳線自2014年1月恢復營運，由台鐵與海科館共同負擔營運暨維修費用。台鐵指出，深澳線搭乘人數稀少，年淨虧損額約為3000萬元。

海科館表示，館方自2012年5月起與慶陽公司簽約，依照契約內容，慶陽需承擔深澳線營運，每年支付1000萬元深澳線的營運暨維修成本費用給館方，經由館方盤點後撥給台鐵；合約長達29年，直到2041年5月13日為止。

海科館指出，慶陽公司至2017年止，已履約將2014年至2016年的分攤費用都如期支付，並原定要於2018年給付2017年的費用。但由於慶富獵雷艦聯貸案，海科館與慶陽公司解約，故慶陽公司將不再支付該筆營運分攤費用。

據《中時》報導，海科館表示與慶陽解約後，該筆1000萬元的營運費用將由館方負擔，不會由接手的優利公司負責，但仍希望與台鐵協商負擔權責。而對此台鐵運務處則回應，會等收到正式函文時再研議。

台鐵深澳線過去是深澳電廠運煤的專用鐵路，連接瑞芳、水湳洞，隨著深澳電廠2007年停機除役後，深澳線全面停駛，直到2014年因應海科館營運而復駛，並在2016年底延駛到八斗子車站。（海科館於12月12日與慶陽公司解約）