立法院於12日三讀通過《公民投票法》部分條文修正草案，打破過去「鳥籠公投」的諸多限制，將提案門檻由千分之五改為萬分之一，連署門檻由原來之5%下修至1.5%，並修改過去俗稱的「雙二一門檻」，通過門檻改採簡單多數決，只要有效投票數達全國投票權人四分之一以上，且同意票數高於不同意票，該公投即達通過門檻。此次的《公投法》修法，對於台灣落實直接民權而言，實為一大進步。

而回顧過去我國《公民投票法》的發展，約可自1990年由已故前民進黨立委蔡同榮，基於推動直民力的理念而召集成立「公民投票促進會」作為開始。並於1991年3月，由民進黨立委盧修一、洪奇昌、葉菊蘭等人提出第一個「公民投票法草案」版本，該版本由林濁水負責起草。

1993年，第二屆立法院成立後，蔡同榮、林濁水、黃爾璇等人再度分別提出草案，但提案均未獲通過；在當時，蔡同榮提案的版本中就包含了「不設限條款」，意即允許人民就主權、領土、國號、國旗、國歌等進行公投；之後蔡同榮多次就該版本進行提案並獲得民進黨支持。

2003年，民進黨提出通過公投來解決核四相關問題。同年6月，國民黨改變立場，宣布支持公投。立法院並於7月召開臨時會議討論《公民投票法》草案，民進黨提出蔡同榮的不設限版本，但最後協商破裂。

2003年11月，《公民投票法》草案再次被提出，並於11月27日進行表決。在野黨國親聯盟在席次優勢下，三讀通過《公民投票法》，但條文多數屬限制較多的原行政院版本。前總統陳水扁在2003年12月31日簽字公布，並依《中央法規標準法》規定，於2004年1月2日生效。

而在此次通過的《公民投票法》後來被稱為「鳥籠公投」，除了明訂高門檻的提案以及連署人數外，也通過了外界所稱的「雙二一門檻」，也就是於全國性公投中，投票人數需達全國投票權人總數二分之一以上，且有效投票數超過二分之一以上同意，該公投才成案。

2004年3月20日，舉行全國性公投的第一案「強化國防」及第二案「對等談判」，為前總統陳水扁依《公民投票法》中「防禦性公投」條款提出，但因投票人數未達全國投票權人數二分之一而遭否決。此後，包括「討黨產」、「反貪腐」、「台灣入聯合國」、「務實返聯公投」等共計六次全國性公投，也因沒有達到通過門檻而未能成案。

2008年11月15日，舉行高雄市地方性公民投票第一案「高雄市降低國中小班級人數公民投票案」，由高雄市教師會薛宗煌提出，為地方性公民投票的首案，但此案並未通過。

此後的地方性公投包括2009年澎湖博弈公投、2012年馬祖博弈公投、2016年澎湖博弈公投、2017年金門博弈公投，除了馬祖博弈公投通過外，其餘數次的地方性公投結果均遭到否決。

依照《離島建設條例》第10-2條規定，離島設置觀光賭場應依公民投票法先辦理地方性公民投票，並排除《公民投票法中》「投票人數達縣、市投票權人總數二分之一以上」之規定，也就是無論投票率多少，同意票在有效的選票中只要超過二分之一以上即為通過。

依此條例，2009年澎湖博弈公投為首次《公民投票法》立法以來排除投票率因素之公投，而2012年7月7日馬祖博弈公投，也是依照《離島建設條例》第10-2條規定舉行，並在同意票為1795、反對票1341的結果下通過，同時也是目前為止唯一一次結果為通過的公投。

2016年2月1日，民進黨於國會席次中過半，並承諾將補正《公民投票法》列為優先法案。而立法院內政委員會則在12月15日，初審通過《公民投票法》部分條文修正草案，並將全案提報院會。

時隔一年後，在2017年12月12日，立法院三讀通過《公民投票法》部分條文修正草案，大幅度下修公投提案、成案以及通過的門檻，除了將原定的通過門檻由有效同意票達選舉人總數二分之一改為四分之一外，並廢除公投審議委員會、將公投年齡為18歲、並可不在籍投票。此次修法打破束縛台灣14年的鳥籠公投，為台灣落實直接民權跨出了一大步。（修憲、領土變更等議題未入《公投法》）