台北農產運銷公司因長期由省農會（後改稱中華民國農會）系統所主控，也一直為國民黨所掌握，在兩岸農業交流上更是重要樞紐，北京政府不僅以台北農產運銷公司做為中國「政策採購」特定台灣水果的窗口，中國從省市到鄉鎮一級的農政單位以「業務考察」名義來台時，台北農產運銷公司成為首選的台灣邀訪單位，到農產運銷公司參觀果菜批發市場運作，更是中國農政單位來台考察的必遊景點。

2005年4月時任國民黨主席的連戰率團訪問中國，兩岸自1949年分治以來國、共領導人首度會面，中共中央總書記胡錦濤和連戰共同提出「新聞公報」，指出「解決台灣農產品在大陸的銷售問題」，拉開了兩岸農業交流，台灣水果銷中的序幕，也開啟了兩岸水果買辦史。

一開始，兩岸農業交流，水果銷中買辦可說由連系人馬因「連胡會」搶得先機而獨攬，但隨著兩岸交流日益頻繁，中國對台系統已無法滿足於透過連系人馬買辦，無法直接和台灣農會等基層組織和農民接觸的方式，漸漸地省農會系統和台北農產運銷公司成為兩岸農業交流的主要管道，台北農產運銷公司更和上海市江橋批發市場經營管理有限公司締結為姊妹市場，成為台北和上海雙城交流的開始。

之後省農會系統和由前省議長、國民黨政治金童朱立倫岳父高育仁成立的「21世紀基金會」成為兩岸水果買辦和中國政策採購台灣水果的管道，取代連系人馬的是高育仁的「21世紀基金會」，並由前農委會主委孫明賢主責農業交流業務。

最高紀錄一年接待100團中國團

如今，中國對台單位透過省農會改稱中華民國農會系統進行農業交流和採購，得以直接和各縣市農會等地方農業基層組織接觸，雲林張系人馬更在兩岸農業交流扮演重要角色，而由張系主控的台北農產運銷公司，擁有全台最大的批發市場，自是兩岸水果採購的最重要供應窗口，尤其是兩岸交流以來，因台灣季節性水果生產過剩，中方政策採購滯銷水果以對台灣農民示好，多年來都是由台北農產運銷公司擔負此一政策採購的重責大任。

近年來，兩岸農業交流更轉向中國就「批發市場定位和營運經驗」來台取經，中國省市、鄉鎮級農業單位更是把到台北農產運銷公司，以及第二果菜批發市場參觀列為必要行程，就農產公司統計，最高記錄曾經一年接待中國批發市場參訪團超過100團。

不過，在民進黨取得執政權，農委會又和台北市政府聯手主控台北農產運銷公司，張系人馬淡出農產公司，未來台北農產運銷公司在綠化後，是否能繼續擔負兩岸農業交流的重要窗口和樣板功能，恐怕仍是未定之數。